Имущества всех опальных и осужденных на смерть отныне должны были отбираться на государя. Все эти распоряжения исполнены были беспрекословно, как ни странны они казались русскому народу. Но воля государя в его глазах имела священный характер. Отделяясь от народа и окружая себя преданными, надежными телохранителями, очевидно, робкий тиран прежде всего думал оградить свою личную безопасность, за которую более всего страшился. А затем он думал уже без всякой помехи предаться утолению своей безумной ненависти к влиятельному в народе и гордому своими знатными предками боярскому сословию, многие члены которого были виновны в своей дерзости перед государем во время его малолетства и потом в своих притязаниях на право совета и отъезда.
Началась вторая вереница казней и опал. В числе первых казненных теперь был доблестный князь Александр Горбатый-Шуйский, потомок удельных князей Суздальских, отличившийся во время казанской осады; его казнили вместе с молодым сыном Петром. Современник рассказывает, что сын первый наклонил голову; но отец отвел его и сказал, что не хочет видеть его мертвым. Юноша уступил ему первый черед, взял в руки отрубленную голову отца, поцеловал ее и затем положил на плаху свою собственную. В ту же эпоху казнены: Петр Ховрин, окольничий Петр Головин, князья Петр Горенский-Оболенский, Иван Сухово-Кашин и Димитрий Шовырев. (Последний был посажен на кол, на котором мучился целый день, пока испустил дух). Князья Иван Куракин и Дмитрий Немаго насильно пострижены в монахи. С князей и бояр Василия Серебряного, Ивана Охлябинина, Ивана Яковлева, Льва Салтыкова, а также с Очина Плещеева взяты клятвенные грамоты о верной службе с денежными поручительствами. Князь же Михаил Воротынский возвращен из ссылки; причем с него взята запись с двойным поручительством в 15 000 рублях. В записи этой он клялся не отъехать ни к литовскому королю, ни к турскому султану или крымскому хану, или к нога-ям, ни к князю Владимиру Андреевичу! В то время многие дворяне и дети боярские также были заподозрены в изменнических замыслах, подверглись опале, лишены своего имущества и частию сосланы в новоприобретенную Казань.