Около того же времени скончался престарелый митрополит Макарий (31 декабря 1564 г.), более двадцати лет с честию занимавший первосвятительскую кафедру, муж ученый, оставивший после себя большие книжные труды. Он с прискорбием смотрел на перемену в поведении Иоанна и, если не имел охоты или мужества усовещевать тирана, зато часто докучал ему своими печалованиями об опальных. Перед кончиною он, по обычаю той эпохи, написал прощальное послание, которое и было прочитано на его погребении; в этом послании он исповедовал свою веру, давал благословение царю, царице, царевичам, епископам, боярам и всему православному народу и разрешал всех тех, которые перед ним чем-нибудь провинились. Когда в феврале собрался в Москве собор русских епископов для выбора нового митрополита, царь предварительно поставил собору вопрос о белом клобуке. — Почему покойный митрополит носил черный клобук? — спрашивал он, тогда как прежние первопрестольники Петр и Алексей, а также Леонтий, Игнатий, Исаия Ростовские изображаются в белых клобуках, новгородские архиепископы тоже носят белый клобук. Собором решено было, чтобы впредь митрополит носил белый клобук и печатал свои грамоты красным воском; на одной стороне печати быть изображению Богородицы с Младенцем, а на другой — именной митрополичьей подписи. После чего собор, по воле государя, избрал на митрополичий престол чудовского старца Афанасия, прежде бывшего благовещенского протопопа и государева духовника Андрея. 5 марта на торжественном его поставлении в Успенском храме, когда он облачился и приведен был к горнему святительскому месту, царь подошел к нему, сказал приветственное слово и вручил новопоставленному святительский посох. Царевичи и епископы провозгласили ему многая лета. Потом митрополит благословил государя и держал к нему ответную речь: почти буквальное повторение той сцены, которую мы видели около 70 лет назад, при поставлении митрополита Симона; очевидно, теперь это был уже священный обычай.
Измена Курбского, последовавшие за нею наступательные действия литовцев и нападение крымского хана во время мирных переговоров — все это произвело чрезвычайное впечатление на подозрительного тирана; ему стали повсюду мерещиться бояре-изменники; он жаждал их казней, но как бы боялся каких-то помех, укоров и заступничества. Наконец, с помощью Басманова и других любимцев, он придумал нечто странное и нелепое: он придумал опричнину.
Москвичи уже привыкли к частым поездкам Иоанна то на богомолье по монастырям, то на «свои потехи», т. е. на охоту. Но его выезд 3 декабря 1565 года не был похож на прежние выезды; народ с недоумением смотрел, как снаряжен был огромный обоз из саней, которые нагрузили всем царским добром, дорогими иконами и крестами, золотою и серебряною посудою, платьем, денежною казною. С царем отправилась теперь большая толпа бояр, дворян и приказных людей: многим из них он велел взять с собою жен и детей; поезд сопровождал значительный конный отряд боярских детей, не только московских, но и вызванных из дальних городов. Отслушав обедню в Успенском соборе, приняв благословение от митрополита и простясь с народом, Иоанн сел в сани с царицею и царевичами и отправился в ближнее село Коломенское, где праздновал Николин день; но сделалась оттепель с дождями и распутица, которая задержала его здесь на две недели. Когда реки снова стали, он поехал в село Тайнинское; оттуда в Троице-Сергиев монастырь, а из Троицы в Александровскую Слободу. Митрополит, пребывавшие тогда в Москве некоторые епископы, бояре и все московские граждане оставались в тяжелой неизвестности о том, что означал такой торжественный и вместе таинственный царский выезд. Неизвестность продолжалась ровно месяц. 3 января явился в Москву дьяк Константин Поливанов с товарищами и вручил митрополиту царскую грамоту, обращенную к духовенству и боярам. В этой грамоте написаны были «измены боярские и воеводские и всяких приказных людей». Тиран повторял обычные свои жалобы на то, что во время его малолетства бояре и приказные люди поступали своевольно, расхищали поместья, вотчины и кормления, о государе же и государстве не радели; от крымцев, литвы и немцев христианство не обороняли. А затем, когда он хочет своих бояр и служилых людей наказать, епископы, игумены заодно с боярами и дьяками стараются их покрывать. Посему, «не хотя их многих изменных дел терпети», царь и великий князь положил на них свою опалу, оставил свое государство и поехал жить там, где Бог укажет. Но кроме этой грамоты Поливанов привез другую, обращенную к московским гостям, купцам и простым людям. Ее прочли всенародно; в ней хитрый тиран писал, что его опала и гнев их не касаются.