Под тем или иным предлогом казни, следовавшие за процессом выявления благонадежности, достигли гигантских размеров, и лишь малая часть жертв была причастна в каком-то смысле к советской политике. Список, составленный в администрации Райнеке на 1 мая 1944 г., упоминает о 473 тыс. человек, уничтоженных при нахождении под стражей ОКВ в Германии и Польше. Неуказанная часть другого полумиллиона пропавших людей списана как ликвидированные при нахождении в руках Главного командования сухопутных сил (ОКХ) на оккупированной советской территории. Однако очевидно, что массовые казни после фильтрации практически прекратились в феврале 1942 г., когда дали о себе знать потребности Геринга в русской рабочей силе, а вермахта — в наемниках и вспомогательных подразделениях, несмотря на сопротивление Гиммлера и Гейдриха. Наконец, приказ о комиссарах стал мертвой буквой, когда Гитлер сам одобрил планы создания Русской освободительной армии (однако все еще оставался в своде законов). В июне 1943 г. Курт Цейцлер, в сентябре 1942 г. сменивший Гальдера на посту начальника Генерального штаба сухопутных войск, превратился в несколько охладевшего и ненадежного сторонника вербовки русских дезертиров. Цейцлер считал приказ о комиссарах очень серьезным препятствием, но, вероятно, потому, что было опасно признавать, что этот приказ по-прежнему существовал, и он не сумел переубедить Гитлера отменить его.
До самого конца войны СД никогда не теряла права изъять любого, кого пожелает, из лагерей для военнопленных.
Хотя это право после февраля 1942 г. осуществлялось только по просьбе комендантов лагерей, последние часто были куда более рьяными сотрудниками, чем фронтовые командиры, чья степень молчаливого согласия с эйнзацгруппами и зондеркомандами оставалась спорным вопросом, затуманенным взаимными политическими обвинениями и кастовым духом, честью мундира.
Браухич заявил, что не знает случаев выполнения приказа о комиссарах военнослужащими вермахта. Исследование данной темы показывает, что Браухич лгал, но многие испытывают искушение уклониться от нее, а сравнение с СД считать бесполезным. Во-первых, потому, что самая большая по масштабам бойня в рамках приказа о комиссарах проводилась вовсе не в прифронтовых зонах, а в германских концентрационных лагерях, в которых сотни тысяч советских пленных осуждались на смерть гражданскими службами германского гестапо. Во-вторых, потому, что вермахт и никто, кроме вермахта, нес ответственность за убийства пленных, во много раз большие, чем общее количество жертв приказа о комиссарах и правил фильтрации, а именно из-за нежелания сохранить живыми четыре миллиона пленных. (Цифра погибших военнопленных несколько преувеличена. Не вернулось из плена (включая невозвращенцев и воевавших и погибших на стороне немцев) 2283,3 тыс. чел. из 4559 тыс. пропавших без вести и пленных и 500 тыс. пропавших без вести, не внесенных в списки войск. —