Распад Советского Союза имел важные последствия и для политики Китая в отношении принадлежащей ему части Центральной Азии. Мощь национальной мобилизации во время перестройки встревожила КПК: не подадут ли независимые государства Центральной Азии плохой пример народам Китая? Недовольство уйгуров было повсеместным, и у КПК вызывали опасения новые веяния, доходящие до Синьцзяна из-за границы. В Синьцзяне проживает более миллиона казахов и меньшее количество киргизов, а в новых независимых государствах Центральной Азии, особенно в Казахстане, сформировалась большая уйгурская диаспора, для большей части которой китайское правление в Синьцзяне не по душе. С 1991 года КПК удвоила усилия по интеграции Синьцзяна в состав китайского государства. Так что в момент, когда бывшие советские республики стали независимыми государствами, Синьцзян пошел в другом направлении – к большей ассимиляции в Китай.
В трех республиках – Казахстане, Туркменистане и Узбекистане – коммунистические руководители без особых усилий превратились в национальных лидеров и достигли полного контроля над новыми государствами. Нурсултан Назарбаев в Казахстане был единственным кандидатом на президентских выборах в декабре 1991 года и получил 98,7 % голосов – очень по-советски. Сапармурат Ниязов в Туркменистане в июне 1992 года превзошел и его с результатом 99,5 %. У Ислама Каримова из Узбекистана был оппонент – поэт из политического движения