Германский король в Средние века рассматривался в качестве фогта римской церкви, которому подчинена ее собственность и который был обязан охранять ее и защищать. Оттон I по случаю своей императорской коронации присягал: «И кому бы я ни передал Итальянское королевство, того заставлю присягнуть тебе, что будет помощником твоим в защите земли святого Петра». И в его договоре с папой Иоанном XII содержатся слова: «Клянемся, что в меру своих сил будем защитниками». Однако такое понимание функций императора сильно отличается от задуманного Оттоном III. Для него характерно особое, античное по духу и традиции и вместе с тем церковное облачение своего отношения к Риму, Империи, св. Петру и церкви, которое, в свою очередь, имеет собственные идейно-политические предпосылки. Достоинство Оттона III как «слуги апостолов» восходит к основному представлению о положении императора как фогта римской церкви. Связанный с именем Оттона III проект «Возрождения империи римлян» при всей его новизне и необычности в конечном счете опирался на традицию оттоновского дома.
Дарственная грамота Сильвестру II в частности и взаимоотношения Оттона III с ним в целом убедительно свидетельствуют о логическом завершении оттоновской системы имперской церкви, когда за папой римским, как и за любым из имперских епископов, признавались права светской власти лишь постольку, поскольку они предоставлялись императором. Оттон III был убежден, что положение «слуги апостолов» дает ему право по своему усмотрению вмешиваться в церковные дела, а Сильвестр II, приверженец идеи восстановления Древней Римской империи на христианской основе, сам признавал верховенство Империи над папством. Не случайно в период борьбы за инвеституру, во времена Генриха IV и Григория VII, сторонники Империи вспоминали пору Оттона III как золотой век, когда превосходство светской власти над папством было несомненным.
Император праздновал триумф своей политики и жил в предвкушении еще больших успехов, коих надеялся достичь в покорении Южной Италии и во взаимоотношениях с Византией, когда совершенно неожиданным для него образом рухнуло его господство в Риме — и, как оказалось, навсегда. Все началось с мятежа в городе Тиволи, жители которого поднялись против назначенных Оттоном III чиновников и убили при этом коменданта города. Самого императора они не пустили в город, закрыв перед ним ворота, так что ему пришлось начать осаду. От штурма и разрушения города обитателей Тиволи спасло посредничество папы Сильвестра II, епископа Хильдесхаймского Бернварда и отшельника Ромуальда, по случаю как раз оказавшегося в Риме. Мятежники капитулировали, направив к императору своих представителей из числа знати. В знак раскаяния они появились перед Оттоном III в одних только фартуках, прикрывавших их наготу, и с мечами в правой руке и розгами в левой. Это означало, что они сдаются на милость императора, предоставляя ему на выбор — отсечь им головы или публично высечь их розгами. Император помиловал их, довольствуясь обещаниями хранить верность, дать заложников, выдать убийц коменданта города и срыть часть городской стены. На сей раз Оттон III получил возможность в полной мере продемонстрировать свое милосердие (не как три года назад во время суда над папой-самозванцем Иоанном XVI) и по личной просьбе отшельника Ромуальда помиловали и того, кого жители Тиволи назвали единственным убийцей его человека.
Однако император недолго наслаждался водворенным миром. Сразу же восстали римляне — те самые неблагодарные римляне, которым он так льстил, стараясь возвратить былое величие их городу. Причиной бунта называли слишком мягкое наказание жителей Тиволи, которых римляне давно и сильно ненавидели, но это могло быть лишь поводом. Настоящая причина заключалась в фактическом императорском правлении в Риме, воспринимавшемся римлянами как нестерпимое чужеземное господство, которое невозможно было компенсировать даже привлечением их ко двору на Авентине. Не исключено, что сказались и неоправдавшиеся надежды римских господ, имевших земельные владения вблизи Тиволи. Но как бы то ни было, фаворит императора Григорий Тускуланский перешел на сторону его врагов, а за ним последовали и многие из тех, кто примкнул к Оттону III после подавления мятежа Крешенция. Рим, что редко случалось, практически единодушно противостоял императору. В то время, как преданные императору войска под командованием маркграфа Гуго Тосканского и герцога Генриха Баварского стояли лагерем у стен города, римляне заперли ворота и забаррикадировали улицы, ведущие ко дворцу, так что Оттон III со своими приближенными был в течение трех дней полностью отрезан от внешнего мира.