Мы можем лишь догадываться, о чем говорили оба правителя. Отсутствие достоверных свидетельств вынуждает строить предположения. Возможно, Оттон III обсуждал с венецианским дожем ведение совместной борьбы против сарацин, а также христианскую миссию в землях южных славян и Венгрии. Высказывалось и предположение о том, что секретность посещения могла объясняться обсуждением столь деликатных вопросов, как предполагавшийся брак Оттона III с византийской царевной или даже его возможное отречение и уход в монастырь. Доподлинно известно лишь то, что Оттон III освободил дожа, как за год до того Болеслава Храброго, от уплаты ежегодной дани, символически выражавшей некоторую зависимость Венеции от Империи. Вполне вероятно, он желал видеть этот вольный город, как Польшу и Венгрию, равноправным членом его универсальной христианской империи.
После однодневного пребывания Оттон III покинул Венецию так же тайно, как и прибыл, рассказав в Равенне изумленным слушателям о своей поездке. И дож, собрав во дворце венецианцев, открыл им, какой высокий гость посещал их город.
В середине мая 1001 года Оттон III покинул Равенну и во главе войска двинулся маршем на Рим, у стен которого в начале июня разбил свой лагерь. Город был осажден, однако брать его штурмом император не решился, не имея достаточных для этого сил. Он довольствовался лишь проведением карательных рейдов по окрестностям, дабы отомстить мятежникам за измену. Затем, поручив командовать войском своему верному патрицию Циацо, а Таммо, брата епископа Хильдесхаймского Бернварда, оставив удерживать укрепленный пригород Патерно, Оттон III с другим войском пошел на Беневент. В результате осады, продолжавшейся весь август, город был покорен, что произвело впечатление и на восставших жителей Капуи и Салерно, прекративших мятеж. После этого Оттон III отправился в Равенну, а затем в Павию ждать подкрепления из Германии. Теперь можно было даже говорить о частичном успехе, поскольку мятеж был локализован. Кроме Рима, вся Северная Италия была в руках императора. То же самое касается и римской церкви, глава которой и вдали от Рима оставался папой.
Положение Оттона III явно исправлялось. Об этом свидетельствует и то, что правитель Византии не воспользовался мятежом римлян для нападения, а, наоборот, согласился Удовлетворить просьбу, с которой посольство из Германии обращалось к нему еще в 995 году. В начале 1002 года в Бари прибыла византийская царевна, предназначенная в жены западному императору. Это был дипломатический успех, превосходивший достигнутый некогда Оттоном I, поскольку на сей раз прибыла представительница законной династии — более того, порфирородная царевна.
Но вместе с тем Оттон III столкнулся с очередной неприятностью: до него дошла весть о возмущении саксонской знати, к которому присоединились и епископы. Правда, попытка привлечь к мятежу и кузена Оттона III, герцога Баварии Генриха, не имела успеха. Однако мятеж, хотя и можно было надеяться, что он не распространится по всей Германии, заключал в себе серьезную угрозу, поскольку был вызван недовольством саксонской знати перемещением политического центра в Империи. Восстание на севере явилось следствием «Возрождения империи римлян», из-за которого немцы должны были лишиться господствующего положения в Империи. Особенно сильно было недовольство саксов политикой Оттона III в отношении Польши. Невозможно с уверенностью сказать, во что вылилось бы это возмущение в Саксонии, если бы преждевременная смерть юного императора не дала развитию событий совсем иное направление.