Переход от добровольчества к комплектованию флота на основе мобилизации военнообязанных осуществлялся постепенно. Так в конце мая 1918 года в типовой договор моряка-добровольца, вступающего в ряды РККФ (принятый Совнаркома в январе 1918 года), было внесено серьезное дополнение, что поступающий на военно-морскую службу принимал обязательство оставаться в рядах действующего флота до окончания войны, даже если срок заключенного с ним договора истекал в ходе военных действий. Это дополнение позволяло в некоторой степени стабилизировать численность личного состава, но оно не решало проблему пополнения флота новыми кадрами.
На следующий же день после принятия декрета о создании РККФ было введено в действие и «Временное положение о комиссарах Морского комиссариата». Положение стало первым ударом, нанесенным большевиками по матросской демократии. В положении указывалось, что на флоте вводится институт комиссаров, которые назначаются для «наблюдения и направления работ в управлениях, учреждениях и заведениях Морского комиссариата в полном согласии с принципами идеи народовластия и постановлениями Совета Народных Комиссаров». Свою работу комиссары должны были осуществлять совместно с начальниками управлений. «Во все свои начинания, – говорилось в положении, – начальник посвящает комиссара, и решения вступают в силу лишь после того, когда достигнуто соглашение с комиссаром». Подписью комиссаров отныне должны были утверждаться все официальные приказы, циркуляры и документы. Помимо этого, на комиссаров возлагалась ответственность предотвращать «всякие контрреволюционные попытки, откуда бы они ни исходили». Комиссарам предоставлялось право назначать любые проверки в управлениях, осуществлять контроль за приемом и увольнением сотрудников и т. д.
Разумеется, что назначение комиссаров (да еще с такими широкими полномочиями!) вызвало яростное сопротивление не только матросов, приверженных идеям левых эсеров и анархистов, но и беспартийных. Поэтому матросы демонстративно не приняли назначенного комиссаром на Балтийский флот матроса-большевика Н.Ф. Измайлова. Несмотря на то, что Измайлова знал весь флот, несмотря на то, что он был депутатом четырех созывов Центробалта и даже являлся его председателем, против Измайлова сразу же открыто выступил и Центробалт, и рядовые матросы.
Обиженный Измайлов пожаловался в Смольный. Там к жалобе несостоявшегося комиссара отнеслись со всей серьезностью, и 18 февраля Совнарком под председательством В.И. Ленина вынес решение, в котором подтвердил свое назначение Н.Ф. Измайлова главным комиссаром Балтийского флота. Есть мнение, что кандидатура Н.Ф. Измайлова была выбрана, как определенный противовес П.Е. Дыбенко, с которым они давно враждовали и конкурировали. Впрочем, Дыбенко тут же подсуетился и «в помощь» Измайлову, по его предложению, были назначены комиссарами близкие к нему матросы Е.С. Блохин, А.С. Штарев и П.И. Шишко. Все трое являлись членами Центробалта. 19 февраля этой тройке были вручены мандаты за подписью В.И. Ленина. Для разъяснения полномочий комиссаров и противодействия Центробалту, в Гельсингфорс были направлены А.М. Коллонтай и А.А. Шейман, чтобы склонить членов Центробалта на свою сторону. Вряд ли центробалтовцы тогда понимали, что голосуя за институт комиссаров, они подписывают смертный приговор самому Центробалту. Как бы то ни было, но в результате голосования, пусть с минимальным перевесом голосов, но Центробал все же принял постановление о признании комиссаров. Дело в том, что многим членам Центробалта перегибы в демократизации флота были очевидны.
25 февраля коллегия Морского комиссариата вынесла решение о назначении комиссаров и во все отделы Центробалта, с тем, чтобы еще более укрепить большевистское руководство флотом.
В своем первом приказе по Балтийскому флоту комиссар Н.Ф. Измаилов, совместно с начальником военного отдела Центробалта А.А. Ружеком, призвал моряков к укреплению боеспособности флота. «Именем Совета Народных Комиссаров Российской Республики, – говорилось в приказе, объявляем по флоту Балтийского моря, что с 20-го сего февраля вступили в исполнение возложенных на нас правительством обязанностей, т. е. к управлению всеми морскими силами Балтийского моря и к созданию нового социалистического Рабоче-Крестьянского Красного Флота. Призываем всех товарищей принять горячее участие в совместной работе».