Введение института комиссаров стало существенным организационным новшеством революционной эпохи. Историк Б.Н. Назаренко так пишет о коллизиях связанных с введением комиссаров: «Появление комиссаров в учреждениях морского ведомства и в вооруженных силах вообще не было изобретением большевиков. Комиссары назначались еще Временным правительством, однако после Октября их роль существенно изменилась… В положении о комиссарах говорилось, что они «должны были явиться на свои посты и вопреки желанию и воли командиров, начальников или руководителей тех или иных учреждений, опираясь на массы, действуя в контакте с солдатами, рабочими или служащими, препятствовать всяким контрреволюционным попыткам и проводить постановления революционной власти». «Временное положение о комиссарах Морского комиссариата» было опубликовано 30 января 1918 года за подписями комиссара по морским делам П.Е. Дыбенко и членов Коллегии Ф.Ф. Раскольникова и С.Е. Сакса. Согласно этому Положению, комиссары назначались Коллегией наркомата «из числа опытных и сведущих в морском деле лиц», они получали от Коллегии инструкции и отвечали перед ней. Все доклады начальнику управления должны были делаться в присутствии комиссара, он просматривал и подписывал все исходящие бумаги, согласовывал командировки сотрудников. Пункт 5-й определял, что «Комиссар имеет право предотвращать контрреволюционные попытки, откуда бы они ни исходили, мерами по своему усмотрению». Комиссарам давалось право представлять служащих своего управления к увольнению, назначать ревизии, издавать циркуляры. В помощь комиссарам учреждений могли назначаться помощники. Комиссар по Управлению санитарной частью флота был членом Коллегии морского санитарного совета, которая входила в Совет врачебных коллегий. Комиссар по Управлению портов входил в число членов Портовой коллегии. Спустя три недели «Временное положение…» было дополнено пунктом 9, согласно которому все управления были обязаны давать справки по запросу комиссаров. 28 января в Гельсингфорсе на митинге увольняемых в запас вновь «обсуждался вопрос о т. Дыбенко, где на него лили грязь за то, что он не вооружил всех уходящих в запас, и была вынесена резолюция об отзыве т. Дыбенко», после чего Центробалт вновь обсуждал вопрос о доверии ему. Колебался и авторитет самого Центробалта. Так на заседании 29 января матрос Салтыков заявил, что «когда я приехал из Петрограда и был на собрании моряков Гельсингфорсской базы, то там нам выражают недоверие и высказывают, что нас уже подкупили, но меня никто не подкупил и я не могу этого выносить, поэтому я прошу, чтобы с меня сняли полномочия».
В Гельсингфорсе тоже начинался процесс централизации. Еще во время посещения П.Е. Дыбенко Гельсингфорса, 19 января, он, возможно, провел тайное совещание с Н.Ф. Измайловым и Е.С. Блохиным, на котором обсуждался курс на постепенный отказ от выборных органов на флоте. При этом Н.Ф. Измайлов, якобы, просил назначить его командующим флотом, а Е.С. Блохин – начальником оперативной части флота. Слухи об этом совещании обсуждались на заседании Центробалта 14 февраля.
В тот день Центробалт вынес решение о немедленном аресте Н.Ф. Измайлова и Е.С. Блохина. 18 и 19 февраля Центробалт вновь обсуждал вопрос о принципиальной допустимости назначения комиссаров, причем к этому моменту несколько комиссаров уже были назначены «от т. Дыбенко». Произошел раскол на практически равные группировки сторонников признания комиссаров и выступавших за сохранение выборного начала. Особенно выделялся уже известный нам оратор матрос-анархист П.М. Скурихин, который говорил: «Не нужно падать духом. Нам нужно подняться, довольно нам дышать и кричать замогильным голосом, нам нужно сказать громко и звучно, чтобы не было никакого посягательства на избирательные права. Мы – члены ЦКБФ, здесь сидящие, – должны громко сказать: пусть нам не назначают людей сверху. Наша идея – выдвигать управителей снизу… Я предлагаю объявить по флоту, что нам дают кнуты; народные комиссары нам не доверяют сформирование нового флота, так пусть же они это скажут открыто». В эти дни на заседании Центробалта матрос-большевик Н.И. Курочкин мог сказать и такое: «Почему на Черноморский флот и на казначейство отпускается по 30 миллионов рублей? А почему не отпускается на Балтийский флот? Потому что Балтийский флот не раз брал за машонку Смольный».
На заседании 19 февраля A.M. Коллонтай призывала признать назначенных комиссаров, доказывая, что они будут назначаться только на переходный период от старого флота к новому, а затем снова флот вернется к выборным организациям. Заметим, что Коллонтай откровенно врала, т. к. таких решений никто никогда даже не обсуждал.
Комиссар Е.С. Блохин говорил: «Если отдавали приказ кораблю, если ему это понравилось, то он принимал; если же ему не понравилось, то он отзывал своего представителя. Довольно слов. Нужно перейти к делу. Довольно выборных организаций».