Возможно, впрочем, что настоящей причиной конфликта внутри 2-го Балтийского флотского экипажа стала не столько конкуренция двух братьев- лидеров, а противоречия между местным контингентом и вернувшимися матросами 2-го Балтийского экипажа с Украины, где они силой установили новую власть в ряде городов. Герои советизации Украины желали отобрать у «местных» право считаться самыми революционными из всех революционеров.
А затем произошло вообще нечто из ряда вон выходящее. Все началось с того, что 11 декабря 1917 года были арестованы по декрету «об аресте вождей гражданской войны», прибывшие в Петроград на открытие Учредительного собрания, два бывших министра Временного правительства кадеты Ф.Ф. Кокошкин и А.И. Шингарев. Министры были арестованы на квартире известной графини С.В. Паниной и помещены в Петропавловскую крепость. Там здоровье немолодых министров ухудшилось и после длительных ходатайств перед Смольным, в ночь с 5-го на 6-е января они были перевезены в больницу.
В ночь с 6 на 7 января 1918 около тридцати матросов со вспомогательных судов «Ярославец» и «Чайка», с криками «вырезать», «лишние две карточки на хлеб останутся» направились к Мариинской больнице. Расставив, на всякий случай, посты на соседних улицах, около десятка матросов подошли к входу в больницу и начали стучать в дверь, крича: «Сторож, открывай! Здесь есть арестованные министры! Мы пришли на смену караула!» Увидев толпу вооруженных матросов, перепуганный сторож впустил их в больницу. После этого анархист матрос С.И. Басов, знавший расположение палат Кокошкина и Шингарева, повел матросов на 3-й этаж. Сначала они ворвались в палату А.И. Шингарева. Здоровенный матрос-эстонец Оскар Крейс схватил его за горло, повалил на кровать и начал душить. Настигнутый врасплох, Шингарев попытался спросить: «Что, вы, братцы, делаете?» Однако матросы, крича, что «убивают министров за 1905 год», и «довольно им нашу кровь пить», стали беспорядочно в него стрелять из револьверов и колоть штыками.
Затем убийцы направились в палату Ф.Ф. Кокошкина, который уже спал. Тот же Крейс начал его душить, схватив за горло, после чего матрос Я.И. Матвеев, двумя выстрелами в рот и сердце Кокошкина добил. Исполнив «свой классовый долг», матросы покинули больницу. При этом, уходя, они не удержались и от мародерства. В комнате Шингарева матросы прихватили кожаную куртку убитого, которую тут же вручили, как награду, анархисту Басову. После этого матросы начали требовать от Басова, чтобы тот повел их в Петропавловскую крепость, где они намеревались расправиться с содержавшимися там под арестом остальными министрами Временного правительства. Когда же Басов объяснил им, что караул Петропавловской крепости может оказать вооруженное сопротивление, матросы от этой идеи отказались, решив, что лучше пойдут в лечебницу Герзони, где в это время находилось на излечении еще три министра. Однако затем матросы поостыли, решив вначале отпраздновать уже совершенные убийства, а уже потом приниматься за новые.
Из воспоминаний сестры А.И. Шингаревой (сестры убитого): «…В половине первого пришли «они» и убили его. Пришли под предводительством солдата Басова, который брал у меня деньги, сказал, что идет сменить караул. Солдат Басов потребовал у сиделки лампу. Часть матросов осталась на лестнице, а другие пошли в комнату Андрея Ивановича (Шингарева – В.Ш.) и там, когда Басов светил, его убили тремя выстрелами в лицо, грудь и живот. Затем пошли комнату Кокошкина, убили того и сейчас же ушли. Внизу швейцару сказали, что сменили караул и ушли. Растерявшиеся сиделки от страха не знали, что делать. Проснувшиеся больные подняли тревогу. Кто-то побежал вниз, сказал швейцару. Пришел дежурный врач. Кокошкин был мертв. Андрей Иванович еще жил, был в сознании. Через полчаса он умер, уже без сознания».
По показаниям свидетелей, двое ставших известными из группы убийц были с посыльного судна «Чайка». Можно предположить, что главную роль здесь могли сыграть матросы отряда А.Г. Железнякова и 2-го Балтийского флотского экипажа. Предпосылкой убийства стало недовольство солдат из охраны Петропавловки переводом их «подопечных» в больницу. Они пожаловались матросам на «двуличность власти». Солдаты не сомневались в праве матросов решать, по своему усмотрению, любые вопросы. Что касается самих с матросов. То они на самом деле считали себя никому не подсудными. Надо помнить, что в матросской среде были еще свежи воспоминания о бегстве А.Ф. Керенского (при штурме Зимнего дворца) и Л.Г. Корнилова (при занятии Ставки) от матросского правосудия.
Вышедшая на следующий день газета «Известия» осудила преступление, сообщив: «Помимо прочего, это плохо и с политической точки зрения, так как – сокрушительный удар, нацеленный на революцию, на Советскую власть». Большевистская «Правда» в «шапке» крупным черным шрифтом писала: «Везде и всюду великая рабочая и крестьянская революция побеждает! И ей не нужны дикие убийства!..»