Что касается П.Е. Дыбенко, то он, по указанию А.м. Коллонтай, номинально осудил акцию, написав при этом замечательный приказ: «Честь революционного флота не потерпит позорного обвинения революционных матросов в убийстве беспомощных врагов, да еще содержавшихся под стражей. Я призываю тех, кто принял участие в убийстве… добровольно предстать перед Революционным трибуналом».
Зверское убийство министров стало последней каплей, которая переполнила терпение В.И. Ленина относительно матросских бесчинств. По его приказу была образована следственная комиссия в составе В.Д. Бонч-Бруевича, наркома по морским делам П.Е. Дыбенко и наркома юстиции, левого эсера И.З. Штейнберга.
Через несколько дней даже в провинциальных газетах можно было уже прочитать о результатах следствия, с довольно подробным описанием картины убийства, о том, что имена убийц стали известны ЧК. Получалось, что осталось только их только арестовать. Вскоре один из участников расправы с министрами матрос-анархист (Дальский) был действительно отдан под трибунал. Однако затем публикации о ходе расследования над убийцами министров в газетах резко пошли на убыль, а затем и вовсе прекратились. Увы. Но В.И. Ленин в очередной раз пошел на попятную. Причиной этого было, видимо, не только сопротивление матросских низов и в особенности недовольство 2-го Балтийского флотского экипажа, и другие случаи обозначившие нарастающее противостояние матросов и большевиков. Не случайно в те дни имели место слухи вообще о возможном взятии власти матросами в свои руки, причем, даже с вариантом реставрации царской власти! Позиция В.И. Ленина в этой ситуации была неоднозначной. И.З. Штейнбергу, настойчиво добивавшемуся наказания виновных, Ленин говорил: «Мы что, должны драться с ними? …Именно потому, что матросы демонстрируют свой гнев и угрожают нам, мы не имеем права уступать… Берегитесь, а то в один прекрасный день и мы окажемся жертвами матросов». Что тут еще можно сказать, когда лидер большевиков, не стесняясь, признается, что боится оказаться жертвой распоясавшейся братвы!
7 января 1918 года Совнарком, заслушав доклад наркомюста Штейнберга, поручил наркомату юстиции «в кратчайший срок проверить основательность содержания в тюрьмах политических заключенных… всех же, кому в течение 48 часов не может быть предъявлено обвинений, освободить». Не удовлетворившись этим, левые эсеры подняли вопрос о привлечении в комиссию по расследованию убийства «представителей от Центральных комитетов всех партий».
Следы убийства привели в отряд матросов-анархистов, расквартированный во 2-м Балтийском флотском экипаже, которым командовал Г.Г. Железняков. Как было выяснено, идея расправы над министрами родилась у матросов- анархистов спонтанно, под влиянием алкоголя и желания «ускорить мировую революцию». В течение нескольких дней комиссии удалось установить личности всех участников убийства и арестовать 8 человек (матросов С.И. Басова, Куликова, Рудакова, Блюменфельда, Михайлова, Арметьева, Семенова, Розина). Впрочем, матросы от следственной комиссии особо и не скрывались, полагая, что все им сойдет с рук.
Когда В.Д. Бонч-Бруевич направился в отряд Г.Г. Железнякова, то нашел того пьяным в стельку и добиться ничего не смог. Несмотря на все красноречие В.Д. Бонч-Бруевича, 2-й Балтийский экипаж наотрез отказался выдавать матросов О. Крейса и Я.И. Матвеева, а потому оба к суду привлечены так и не были под предлогом, что «не были разысканы». Что касается остальных участников убийства министров, то они дали подробные показания, после договоренности, что будут «содержаться под арестом» во 2-м Балтийском экипаже, т. е фактически оставшись на свободе.