Капитуляция вела за собой проблему легализации. Когда 9 – 10 сентября в РЕН и КРМ решали, что восстание находится на той стадии, когда его следует прекратить, обсуждали проблему легализации перед немцами, все было просто: надо сохранять кадры и преемственность. Поэтому постановили, что легализуется один Янковский, возьмет на себя ответ за организацию восстания. Остальные министры, органы делегатуры, политические партии уйдут в подполье. Естественно, объявят внутри страны, что виноваты Россия и ПКНО. Вне страны— Россия и западные союзники. Когда после освобождения Праги Красной армией зашла речь, что надо легализоваться перед Советами, решили предстать перед ними уже существующей властью и продолжать одновременно против них борьбу, заранее определив, кому идти «в лес». Легализации придать громкое политическое звучание, но ограничив тем кругом лиц, которые уже «засветились». Во всяком случае, Монтеру из-за угрозы интернирования не надо идти приветствовать большевиков. Срочно были приняты меры, чтобы опубликовать все принятые законы, завершить выработку устава управления городом и – о, новые времена! – официально поинтересоваться у ППР, войдут ли ее представители в состав городской рады. 28 сентября, обсудив положение в городе, КРМ решила, что когда фон дем Бах усиленно навязывает контакты, а представитель АК поехал на переговоры, когда до полудня не замечено никаких продвижений войск Рокоссовского, легализация властей г. Варшавы не является актуальной. Тем более, что восстание выполнило свою моральную и политическую задачу. Хотя контакты с немцами проходили в традициях дипломатического этикета, взаимной вежливости, признания героизма повстанцев, польской стороне было заявлено, что обстрелы и наступление на их позиции не прекратятся до момента подписания акта о капитуляции. Бур сообщил 29 сентября на заседании КРМ, что особенно интенсивно немцы собираются атаковать Жолибож. Они не прервут переговоров и дадут польской стороне время для обсуждения ситуации с Лондоном. Но на 30 сентября уже был намечен первый день выхода гражданского населения из Варшавы. (Эмигрантское правительство согласие на капитуляцию уже дало, а девять генералов из Лондона ее «рекомендовали». )
Видя неудачу для своих целей восстания, а с другой стороны – подвижки в консолидации политических сил на левом фланге, настроения горожан и даже в своих рядах, положение в Варшаве – руководство АК приняло решение принять предложение фон дем Баха о капитуляции и уйти вновь в подполье. Новым руководителем делегатуры и политическим куратором подпольных военных сил был определен С. Корбоньский. Усилились работы по укрытию будущих арсеналов: закапывалось оружие, предпринимались меры по безопасному хранению основных архивов в Варшаве, вывозу из города важных архивных документов последнего периода. Рассматривались вопросы о безопасном вывозе денег из Варшавы. В итоге были закопаны «на будущее» 1 500 млн. злотых. Не были забыты и личные финансовые интересы руководства подпольем и восстанием. Чинам делегатуры выдали жалованье по февраль включительно. Не были забыты и сотрудники и члены РЕН.
Уже приняв эти решения и практически договорившись с фон дем Бахом о капитуляции, был предпринят политический маневр с элементами шантажа, который должен был представить перед миром виновником капитуляции восстания Россию. Дав уже согласие на капитуляцию, 30 сентября Миколайчик направил Сталину послание: «В этот последний, трудный час я обращаюсь к Вам, чтобы Вы дали приказ о немедленных операциях, которые выручили бы гарнизон Варшавы и освободили столицу. Генерал Бур обращается с таким же призывом к маршалу Рокоссовскому». Бур писал: «Если Варшава в течение трех дней не будет занята Красной армией, если мы не получим немедленной поддержки авиацией, а также интенсивного огня артиллерии по ранее указанным целям, то можно не удержаться и в этот срок».