Окончательный захват Шарм-эль-Шейха произошел только 5 ноября: в 9.00 гарнизон капитулировал. В то же время британские и французские парашютисты оккупировали Порт-Саид и Порт-Фуад. Одновременно в зону канала стали прибывать войска ООН, и фактически война закончилась.
Через несколько недель после окончания Синайского конфликта под давлением ООН, а также ввиду согласованных действий СССР и США Израиль был вынужден начать отвод войск с захваченных территорий на Синае и передавать позиции войскам ООН.
Сразу началась подготовка к следующей войне. В военной доктрине Израиля стала рассматриваться возможность превентивного удара по арабским ВВС на аэродромах. По всей видимости, эта мысль сложилась в войне 1956 года, когда из-за постоянных бомбардировок аэродромов египетская авиация не оказывала сопротивления в воздухе. Для уничтожения арабских ВВС началась плановая работа. Прежде всего было решено начать регулярную разведывательную работу, направленную на раскрытие структуры ВВС, а также мест базирования.
Сведение к нулю плодов победы Израиля в войне 1956 года добавили популярности президенту Насеру в арабском мире. Сразу после окончания войны СССР произвел поставки вооружений взамен потерянных. Большое количество советников стало прибывать не только из СССР, но из других стран Варшавского договора. Более сотни египетских пилотов отправилось на обучение.
ВВС Израиля частично провели модернизацию: поршневые «Мустанги», «Москито» и В-17 стали выводиться из эксплуатации. Взамен стали поступать реактивные самолеты: в основном это были «Мистэры» и «Ураганы». В конце 50-х — начале 60-х годов две эскадрильи «Мистэров» составляли основу истребительных сил Израиля. В 1957 году во Франции был размещен заказ на 18 истребителей-бомбардировщиков «Вотур» для замены «Москито». Кроме всего прочего, Израиль закупил семь двухместных ночных истребителей и два разведчика.
В июле 1958 года новым командующим ВВС Израиля стал бригадный генерал Э. Вейцман. В годы войны за независимость он служил в первой истребительной эскадрильи и имел воздушные победы. После войны он занимал ряд командных должностей и стал заместителем командующего ВВС. Известна его любимая фраза: «Лучшая израильская защитная позиция — в небе над Каиром». Еще больше внимания стало уделяться подготовке удара по базам ВВС арабских стран.
Арабские ВВС в то время тоже возросли как качественно, так и количественно. Иордания, Ливан и Ирак получили из Великобритании истребители-бомбардировщики «Хаукер Хантер», а Египет — десятки МиГ-15, МиГ-17 и бомбардировщиков Ил-28.
В 1958 году Израиль сделал заказ на сверхзвуковой «Супер Мистэр» В. 2. Этот истребитель стал первым сверхзвуковым самолетом ВВС Израиля. Первые такие самолеты поступили на вооружение ВВС Израиля в 1959 году.
В конце 50-х годов фирма «Бедек» достигла договоренности о лицензионном производстве СМ. 170 «Мажистер». Причем большинство должно было быть собрано в Израиле, из израильских комплектующих.
В 1958 году французы испытали новые истребители «Мираж» III. Для своего времени это был один из лучших истребителей в мире. В 1959 году, во время посещения Франции Э. Вейцманом, шеф-пилот испытатель израильских ВВС Д. Шапиро облетал этот французский истребитель. В полете пилот достиг скорости 2М. Командование сразу же разместило на французских предприятиях заказ на 24 таких самолета. Истребители «Мираж» III поступили на вооружение ВВС Израиля 7 апреля 1962 года, и к 1967 году их количество достигло 72 самолетов, из которых было сформировано три эскадрильи.
В конце 50-х годов Израилем были получены и первые вертолеты Сикорского S-55, и «Супер Фрелон». Девять таких машин принимали активное участие в войне 1967 года.
Появление вертолетов открыло новые возможности перед израильскими Вооруженными силами. Один вертолет мог вместить 30 десантников или джип. Экипажи крупных вертолетов непрерывно тренировались в аэромобильных операциях. Была разработана специальная тактика ухода от встреч с вражескими истребителями.
Годы после Синайского конфликта были более мирными для населения Израиля. Войска ООН, размещенные на Синае, служили неким буфером на границе Израиля с Египтом. Поэтому наземные сражения продолжались только на границах с Иорданией, Сирией и Ливаном. Однако если на земле ситуация была благоприятной, то в воздухе война продолжалась. 20 декабря 1958 года египетский МиГ-17, вторгшийся в воздушное пространство Израиля, был сбит героем Синайской кампании — Я. Нево. Однако удача не всегда сопутствовала пилотам Израиля — 14 февраля 1959 года арабские МиГ-17 во время столкновений на сирийской границе сбили два «Мистэра».