Сапега вознамерился усилить пушечный огонь, но, к счастью для осажденных, вражеские пушки причиняли обители немного вреда: многочисленные ядра не долетали до стен, многие из них падали в воду монастырских прудов, и лишь немногие из них попадали прямо в стены, производя при этом сильные сотрясения, и отскакивая от неприступной крепости. При этом кирпичи и глина начинали отваливаться, осыпаться, и это давало врагам некоторую надежду; они стали направлять выстрелы в одни и те же места, надеясь таким способом пробить бреши, через которые ядра уже будут попадать внутрь монастыря.
Однако, когда в стене пробивались небольшие бреши, то келейники тотчас спешили их заделать — заложить свежими кирпичами и замазать глиной: без этой разумной предосторожности старые стены не могли бы выдержать столь долгой осады. Чтобы иметь под руками средство для защиты от неприятельских приступов, иноки варили целые котлы смолы и серы, и лишь только поляки делали попытку взобраться на монастырские стены, иноки опрокидывали на них эти котлы, обливая целым потоком кипящей массы.
В один из дней ожесточенной перестрелки неприятельское ядро ударило в большой монастырский колокол и, отскочив от звонкой меди, влетело в окно храма Пресвятой Троицы и, со страшной силой пробив образ архистратига Михаила, ударилось в стену перед самым образом Святой Троицы, после чего отскочило в левый придел и там рассыпалось на части. Произошло это на вечерне во время молебствия. Можно себе представить, что испытали в эту минуту присутствующие в храме! Все это произошло в один миг, и все были поражены разрушительным выстрелом, как громом небесным. Они не могли опомниться от страха и негодования. Но вот снова раздался треск: второе ядро пробило чугунные двери около мощей и, ударившись в икону Николая Чудотворца, пробило и ее насквозь. Все молящиеся с ужасом пали ниц, при виде такого дерзкого, богохульного поругания православной святыни. Но все-таки богослужение не прерывалось ни на минуту, и раздавалось при всеобщем стоне и плаче молитвенное песнопение рожавших от страха и волнения голосов.
Престарелый архимандрит Иоасаф, находившийся в это время в алтаре, неожиданно увидел перед собой светлого мужа, — это был архистратиг Михаил; держа в руке скипетр, он грозил врагам обители и говорил: «О, враги лютые! Ваши беззакония и дерзость коснулись и моего образа. Всесильный Господь скоро вам воздаст отмщение!» С этими словами лучезарный архистратиг стал невидим и скрылся из глаз пораженного видением старца.
Выйдя из алтаря и оправившись от изумления, Иоасаф рассказал народу о своем видении, и рассказ его благоприятно повлиял на унывавших и напуганных богомольцев, — они несколько успокоились, а в их душах снова проснулась искра теплой надежды.
Но вскоре на монастырь обрушился голод. «За последнее время даже и квас перестали варить, поелику солоду совсем не осталось, да и дров так мало, что их надо беречь; даже и братия пьет одну только чистую воду, а о пиве и меде забыли думать». Недостаток в дровах доходил до того, что стали жечь на дрова разные деревянные постройки, разбирая их на бревна и распиливая: так были сожжены сени, клети, чуланы, и даже стали жечь житницы.
Несмотря на бедственное положение старцев и скудность питания, они не теряли бодрости, продолжая всякие тяжелые работы, насколько хватало сил: одни трудились на «хлебе» (в пекарне), другие сеяли муку, варили «еству»; остальные, наравне с воинами, несли обязанности ратной службы, подвергая опасности свою жизнь и «не жалея живота своего», ради спасения святыни.
К голоду и другим бедам прибавилась страшная чума. Болезнь эта была заразительна и передавалась от больных к здоровым. Началась она в половине ноября и свирепствовала всю зиму вплоть до самой весны. В первые дни умирало по десяти, по пятнадцати человек, а потом смертность достигла таких угрожающих размеров, что не успевали хоронить умерших, которых насчитывали до ста человек в сутки. Чума истребила такое множество народа, что от прежних защитников обители осталась самая ничтожная доля. Болезнь и отсутствие съестных припасов довело несчастных иноков и оставшихся в живых ратников до такого истощения, что они с трудом могли двигаться; силы их, не поддерживаемые пищей, слабели со дня на день. Дошло, наконец, до того, что священники уже не в состоянии были совершать требы и на церковную службу их водили под руки, поддерживая с двух сторон. Монахи троицкие уже издавна привыкли к посту и воздержанию, но и те начали жаловаться на недостаток пищи. Каково же было светским людям, мирянам, воинам и воеводам?
Тяжко приходилось и царевне Ксении. В своем письме (от 29 марта 1609 года) в Москву, к тетке, княгине Домне Богдановне Ноготковой-Сабуровой она сообщала: «В своих бедах чуть жива, конечно, больна со всеми старицами, с часу на час ожидаем смерти… У нас же, за грех за наш, моровое поветрие, всяких людей изняли скорби великия смертныя, на всякой день хоронят мертвых человек по двадцати, и по тридцати, и больше…»