В июне стало очевидным, что победное шествие Великой Октябрьской революции завершилось и в стране разгорается гражданская война. Белогвардейцы захватывали один город за другим, начался мятеж чехословацкого корпуса, которому по глупости позволили распространиться на огромном расстоянии вдоль Транссиба. И в этой связи из центра в Алапаевск поступили новые директивы. Проведя месяц в относительно свободных условиях, с 8 (21) июня ссыльные становились узниками – их перевели на тюремный режим содержания, отняли все деньги и ценности, урезали продовольственный паек, запретили покидать территорию Напольной школы, от них удалили всех спутников, и лишь Варваре Яковлевой и Федору Ремезу вскоре разрешили вернуться. К тому времени покинула мужа Елена Петровна, в середине июня она отправилась в Москву, но по пути узнала о переводе на тюремный режим и осталась в Екатеринбурге, где пыталась добиться от Белобородова, чтобы ей позволили вернуться к мужу в Алапаевск. В итоге 7 июля ее саму арестовали под предлогом того, что она намеревалась устроить побег царской семьи, держали в заточении в Екатеринбурге. В дальнейшем эту замечательную женщину переведут в пермскую тюрьму, оттуда в ноябре – в Москву, а в декабре под давлением сербского и норвежского послов ей разрешат покинуть пределы РСФСР.
Предлогом для введения тюремного режима послужили провокационные слухи о том, что в Перми сбежал из-под ареста великий князь и несостоявшийся царь Михаил Александрович. На самом деле, он был похищен пермскими чекистами и убит якобы при попытке к бегству. Так номинально последний русский император Михаил II стал первым в череде уничтоженных Романовых!
Главарь алапаевских чекистов Говырин тоже устроил провокацию, распустив слух о том, что им задержаны несколько переодетых офицеров, намеревавшихся устроить ссыльным побег, из-за чего, собственно, Романовых и перевели на тюремный режим. Отныне в Напольной школе содержалось восемь узников – Елизавета Федоровна, Варвара Яковлева, Сергей Михайлович, Федор Ремез, Владимир Палей и трое Константиновичей. «Алапаевский комитет большевиов вынужден был закончить „курортное“ пребывание Романовых в Алапаевске», – пишет Ветлугин и приводит в качестве примера такого «курортного» пребывания случай, как племянник одного из охранников повел его посмотреть на великих князей, и Ветлугин увидел, как этот охранник запросто режется в картишки с одним из Романовых, а винтовка стоит в сторонке. Отныне, с 8 (21) июня охранять пленников стала дисциплинированная, строгая и жесткая пулеметная команда алапаевских комсомольцев под руководством Ивана Маслова. Романовым объявили, что отныне и во дворе школы они могут гулять лишь два раза в сутки, днем и вечером не более одного часа. Моления в часовне отменялись, в помещениях – сколько угодно. А после полуночи все обязаны находиться строго в отведенных им комнатах.
Сергей Михайлович в первый же день тюремного режима отправил телеграмму: «Екатеринбург. Председателю областного Совета. По распоряжению областного Совдепа мы с сегодняшнего дня находимся под тюремным режимом. Четыре недели мы прожили под надзором Алапаевского Совдепа и не покидали здания школы и ее двора, за исключением посещения церкви всегда в сопровождении красноармейца. Не зная за собою никакой вины, ходатайствуем о снятии с нас тюремного режима. За себя и моих родственников, находящихся в Алапаевске, Сергей Михайлович Романов».
Комиссар юстиции Соловьев обратился к вышестоящим: «Военная. Екатеринбург. Областной Совет. Считать ли прислугу Романовых арестованными, давать ли выезд. Основание № 4227. Алапаевский Совдеп». Из Екатерибурга пришел ответ: «Алапаевск. Совдеп. Прислугу на ваше усмотрение, выезд никому не позволять без разрешения в Москву – Дзержинского, в Петроград – Урицкого, в Екатеринбург – Облсовета. Объявите Сергею Романову, что заключение является предупредительной мерой против побега, ввиду исчезновения Михаила из Перми № 4249. Белобородов». В свою очередь сам Белобородов обращался телеграммами к Свердлову и Урицкому, и от них получал указания. Так что никакой самодеятельности большевики на Урале себе не позволяли.
В условиях тюремного режима узники провели меньше месяца. Отношение к ним со стороны охранников становилось с каждым днем все хуже и хуже. Комсомольцы пулеметной команды злились: пора сражаться с белогвардейцами, а мы тут с этими цацкаемся!