Кокандские войска, базировавшиеся в крепостях главных городов, в те годы были достаточно сильны, чтобы подавлять восстания: киргизов в Оше в 1845 году, жителей Коканда в 1856 году, киргизов и казахов между Бишкеком и городом Туркестан — в 1857–1858 годах. Возобновились военные действия против Бухары за владение Ура Тюбе и Джизаком, и снова без результата. Однако в начале 1862 года, когда Малла-хан приказал своей армии, насчитывающей, вероятно, около 40.000 человек и состоявшей из пехоты, кавалерии и артиллерии, собраться для войны с Россией, военные отказались подчиняться, и в марте того же года правитель был убит.
Коканд так и не смог оправиться после этой катастрофы. Бухарские войска вошли в столицу в 1862 году и снова в 1865 году, когда вынудили нового хана, Саид Султана, уйти из Ташкента. Только 28 июня 1865 года после двухдневных кровопролитных уличных боев город был взят русскими войсками генерала Черняева. Потеря Ходжента в 1866 году ограничила власть Саид Султана Ферганским бассейном. Русские признали автономию ханства на этой территории договором 1868 года и соблюдали его до 1875 года, когда Худояр-хан, вернувшийся на трон в 1871 году, был свергнут восстанием. Тогда они направили войска и в конце концов вынудили его сына Насир ад-Дина 2 марта 1876 года отказаться от всех суверенных прав. Коканд, в отличие от Бухары и Хивы, был аннексирован Российской империей. Территория стала Ферганской областью, и резиденцией правительства стал Новый Маргелан, позже переименованный в Фергану как область. Коканд оставался самым крупным городским торговым центром на равнине. Ни административная система, ни структура населения в следующие десятилетия не претерпели больших изменений. Русское население появилось только в Новом Маргелане, да и то в небольшом количестве.
Русская оккупация не имела отрицательного влияния на экономику Ферганы, как и Хивы, которую обогнула новая дорога, а позже и железная дорога, проложенная к северу от Аральского моря. Экономика Ферганы успешно развивалась в XIX веке. Старая ирригационная система тщательно поддерживалась и дополнялась новыми каналами. Распределение воды земледельцам и кочевникам регулировали соответственно государственные чиновники и старейшины, за нее была установлена плата. Хотя земледельцы в такой ситуации могли чувствовать себя угнетенными и даже иногда совсем лишались регулярного водоснабжения, доходы, как правило, использовались для технического обслуживания и строительства каналов, что в противном случае могло делаться только с применением принудительного труда. При нормальных условиях, которые существовали до 1842 года, кочевники выказывали растущую тенденцию к оседлой жизни и переходу к земледелию. Пригодных для обработки земель, несмотря на достаточно большие площади, не хватало для обеспечения потребностей страны. Фергана была плотно заселена и высоко урбанизирована для того времени. В Коканде было около 8000 домов, 360 мечетей, 12 медресе и много караван-сараев. В таких обстоятельствах товарное овощеводство и садоводство было очень важным для хозяйства Ферганы. Пока продолжала функционировать местная администрация, в которой ведущие посты занимали вожди кланов и религиозные сановники, условия в этой области благоприятствовали экономическому прогрессу.
Хива
На Хорезмское или Хивинское ханство, расположенное к югу от Аральского моря, не оказало прямого воздействия падение Шейбанидов Бухары в 1598–1599 году, поскольку оно оказалось за пределами их влияния, наоборот, оно значительно выиграло от прекращения давления с этого направления. Армия ханства оказалась достаточно сильна, чтобы отразить серию нападений казахов в 1613–1632 годах. В это время, предположительно в 1615 году, столица была переведена из Ургенча в Хиву, поскольку рукав Окса, на котором стоял Ургенч, пересох. Нападения казахов в 1648 и 1652–1653 годах были успешно отбиты под предводительством Абулгази Багадур-хана (правил в 1644–1663 годах), способного правителя и одновременно, как уже отмечалось ранее, знаменитого историка. Он также защищал свое ханство от бухарцев и в 1661 году подошел к воротам их города. Его сын и преемник Ануша (правил в 1663–1687 годах) не только успешно отбил нападения соседей, но и сам устраивал набеги своих узбеков и туркменов на них. Хорасан, который не был хорошо защищен после смерти Аббаса Великого, больше всего страдал от этих набегов.