К середине XIX века Российская империя стала близким, хотя и не непосредственным соседом Бухары. По оценкам путешественников того периода, численность населения ханства составляла 2,5–3 миллиона человек: половина — земледельцы и жители городов, половина — скотоводы. В городе Бухаре жило около 70.000 человек (из них три четверти могли говорить и на персидском, и на тюркском языке). В Самарканде жило около 30.000 человек. Ханство тогда протянулось от теперешнего Афганского Туркестана и Гиссара в Таджикистане до города Туркестан и западного входа на Ферганскую долину, где Ура-Тюбе (Истаравшан) и Ходжент оспаривались Кокандским ханством. Мерв перешел к Хиве в 1825 году.
С 1861 года русские возобновили движение в южном направлении. Они вступили в бой с бухарскими войсками в 1866 году и снова в 1868 году и одержали верх. В июле 1868 года эмир Музаффар ад-Дин был вынужден принять русский протекторат и уступить большую часть своей территории, в том числе Самарканд, который был занят генералом К.П. фон Кауфманом 14 мая 1868 года. С помощью русских эмир сумел получить некоторую территориальную компенсацию на юго-востоке. Русская верховная власть лишила Бухару свободы вести внешнюю политику, но не затронула внутреннее управление страны и ее религиозную жизнь.
Коканд
Город Коканд и окружающий его регион Ферганы, расположенный в среднем течении Сырдарьи, начал освобождаться от хватки Джанидов в конце XVII века, когда Бухару сотрясало восстание и там повсеместно царили беспорядки. Фергана, защищенная почти со всех сторон горами, была не столь открыта, как территории к северу и западу от нее, для проникновения джунгар и потому стала убежищем для народов, подвергавшихся их нападениям. Мигранты приносили с собой новые профессиональные навыки и богатство и радикально изменили этническую структуру. В XV веке в Фергане жили тюрки и сарты (то есть иранцы; также их называли таджиками). Тюрки селились в основном вокруг Андижана,
Поскольку большинство мигрантов не имели связей с Бухарским ханством, отделение Ферганы произошло без потрясений. Им руководил вождь по имени Шакрух (умер в 1722 или 1723 году), который вел свой род, согласно одним источникам, от Шейбанида Абулхайра, согласно другим — от Тимурида Бабура. Новая династия из
Объединение Ферганской долины в единое государство под властью ханов Коканда было задачей, которую взял на себя в XIX веке сначала хан Алим, правивший в 1799–1809 годах (по В.П. Наливкину — в 1808–1816 годах). Надежно защитив свой трон от нескольких врагов, он начал войну с Бухарой, захватил Ура-Тюбе и Джизак (к западу от Ходжента). Это было началом возвышения Коканда и одновременного упадка Бухары, которая, в отличие от Коканда и Хивы, в XIX веке понесла большие территориальные потери и почти ничего не приобрела.