В то же время возобновились междоусобные войны с другими ханствами. Эмир Хайдар (правил в 1800–1826 годах) начал правление с убийства большого числа своих родственников, и эта безжалостная предосторожность в основном предотвратила внутренние конфликты. В 1804 году он отразил нападение из Хивы, а потом ввязался в затяжную и упорную войну с ханом Коканда. В 1821 году он попал в опасную ситуацию, когда вторжение хивинских войск и их подход к воротам Бухары совпали с восстанием китай-кипчаков, узбекского племени, жившего между Самаркандом и Бухарой, которые были доведены до открытого неповиновения налоговым гнетом и набором в армию. Восстание было подавлено в 1825 году. Второе восстание этого племени и мятеж в Самарканде произошли в 1826 году, но ни к чему не привели.
Тем временем Хайдар умер, оставив казну пустой из-за больших расходов не только на войны, но и на гарем. Его преемник Насрулла (правил в 1826–1860 годах), занявший трон посредством того же жестокого метода, описывается современниками как безжалостный тиран, окружавший себя аналогично настроенными льстецами неизвестного происхождения. Однако у него не было недостатка в энергии. Он спонсировал новые ирригационные работы, укрепил армию и создал артиллерию. Борьба с другими ханствами и с инакомыслящими в собственном государстве в период его правления продолжалась. Его последовательные кампании против Коканда, проходившие с 1839 года и далее, завершились неудачами. С 1842 до 1846 года он воевал с Хивой. Его многолетней целью был Шахрисабз («Зеленый город», расположенный к югу от Самарканда), который его войска не могли завоевать до года его смерти. Постоянные военные действия истощили силы страны. Шахрисабз был одним из многих городов и регионов Бухарского ханства, ставших практически независимыми от центрального правительства. Другим был регион Балха, который бухарцы захватили в 1826 году, однако в 1849 году он перешел к афганцам. Пока центральноазиатские ханства слабели, Афганистан набирал силу и постепенно выходил на передний план. За Центральной Азией, как и за Афганистаном, пристально наблюдали русские и британцы. Обе страны отправили послов ко двору эмира Бухары. Сын и преемник Насруллы Музаффар ад-Дин (правил в 1860–1885 годах) не изменил политику отца в свете явного интереса со стороны двух европейских держав. Он продолжал местные сражения и до 1886 года находился в состоянии войны с Кокандом. В 1865 году его войска потерпели неудачу, пытаясь овладеть Ташкентом. В начале его правления был утрачен Шахрисабз.
Все это время границы Российской империи продвигались к Бухаре. Тюркские племена Центральной Азии одно за другим подчинялись превосходству русской власти. В одних случаях они покорились добровольно, как, например, казахи, вожди которых впервые установили контакты с русскими царями еще в 1594 году. Башкиры, жившие на Урале, к северо-западу от казахов, подчинились Ивану IV в 1554 году. Казахский хан Тауке укрепил западные связи своего народа, когда в 1694 году принял посла из Москвы, а в 1698 году — от калмыков — буддистского ойратского племени, мигрировавшего на нижнюю Волгу. Хотя казахи в 1698 году потерпели поражение на востоке от джунгаров, Тауке сумел сохранить лидерство, возможно, при поддержке Российской империи. Он был творцом законов своего народа и умер в 1718 году. Когда джунгары возобновили свои нападения и в 1723 году отобрали у казахов Ташкент, Сайрам и город Туркестан, большие группы казахов, объединенные в Старший и Средний жузы, подчинились джунгарскому правлению. Киргизы на Енисее сделали то же самое. В это время ближайшим русским форпостом был недавно построенный форт Усть-Каменогорск в верхнем течении Енисея. В этой критической ситуации хан Младшего жуза Абулхайр, которого все казахи ранее признали своим властелином, в 1730 году обратился к Российской империи и предложил царю свою преданность. Заключенный тогда договор в последующие десятилетия несколько раз возобновлялся. Одним из его результатов было то, что русские, начавшие наступление вверх по Сырдарье в 1847 году, могли рассчитывать на симпатии со стороны казахов. Более того, в глазах казахов они были союзниками против Бухарского и Хивинского ханства, которые держали в подчинении группы казахов. В то же время действия русских по ограничению власти казахской знати спровоцировали восстание, которое началось в 1842 году и не было окончательно подавлено до 1873 года. Его лидерами стали султан Кенесары (умер в 1847 году) и его сын Сиддик. Казахам была навязана русская административная система законоположениями 1822 и 1867–1869 годов.