Роль центральноазиатских ханств невозможно оценить без упоминания об их северных соседях, казахах и киргизах (тогда в Европе их называли, соответственно, киргизы и каракиргизы). На протяжении большей части XVI века эти два кочевых народа владели территорией Семиречья, но они ни тогда, ни в XVII веке не объединились, чтобы сформировать единое государство. С 1533 года и далее казахи подвергались все более сильному давлению со стороны ойратов, которые стали двигаться на юго-запад. Примерно к 1570 году зона между бассейном Или и верховьем Енисея уже была в руках ойратов. Впоследствии казахам пришлось пережить много бед из-за голода. Последующие передвижения северных кочевников не могли не оказать влияния на оседлый регион между Сырдарьей и Амударьей и являлись факторами, способствовавшими его фрагментации в конце XVI века на отдельные государства.
Считается, что киргизы мигрировали в южном направлении с верховьев Енисея в XVI веке[46]
. Они заняли северную половину современной Киргизии, где стойко держались против натиска казахов и племен из Могулистана. В 1586 году, возможно под давлением ойратов, они совершили первую попытку прорваться в бассейн Тарима и Фергану.Каракалпаки впервые появились под этим названием в XVI веке. Они осели в низовьях Сырдарьи в 1590 году. Считается, что до этого они вели кочевую жизнь среди ногайских татар.
Преграждая путь кочевникам, ханства Центральной Азии не только защищали Иранское плато, но также сохраняли давний социальный порядок на своих территориях. Это поставило правящие династии в положение признанных лидеров, но не самодержавной власти. Главные кланы и их вожди (
Эта двойная аристократия клановых вождей и теологов имела сильное влияние вплоть до начала русской оккупации. В основании социальной структуры находились крестьяне и освобожденные рабы, широко использовавшиеся в земледелии. Крестьяне были свободными, не привязанными законом к земле. В случае засухи или других природных катастроф они могли ожидать помощи от крупных землевладельцев в виде ссуд, возвращения которых, как правило, не требовали, пока сам меценат не сталкивался с трудностями. Если тогда крестьяне не могли выплатить долг, они могли попасть в кабалу и не имели права какое-то время покидать землю. Но и при этом они не теряли все свои права. Для таких задач, как строительство дорог, поддержание ирригационных сооружений (что всегда выполнялось с большой тщательностью) и, при необходимости, строительство новых каналов, требовалось участие всех местных жителей (кроме кочевников). Они трудились под надзором водного инспектора, которого называли
Сельскохозяйственный земельный налог (тогда называвшийся