В Бухаре, где находилась резиденция Шейбанидов, старая династия не исчезла полностью, продолжалась по женской линии. В 1599 году Баки Мухаммед, мать которого была принцессой из рода Шейбанидов, а отец Джани — принцем из правящей семьи Астрахани, завладел частью Трансоксианы, которая была его наследием от деда по материнской линии. Некоторые части, в частности Ташкент и город Туркестан, были захвачены казахами и на много лет остались за пределами городской мусульманской цивилизации. Династия, основанная Баки Мухаммедом, называется или Джанидами — по имени его отца, или Ашатрханидами — от татарского названия Астрахани. Джанидское правление долго существовало к югу от Оксуса, в районе Балха, где периодически жили наследники династии (далеко не всегда правители). Никаких долговременных территориальных завоеваний не было сделано на северных флангах за счет рвавшихся на юг казахов. Хорасан был навсегда потерян для Сефевидов после смерти Абдаллаха II в 1598 году. Хан Имам Кули (правил в 1611–1643 годах) воевал с казахами и вышел к эстуарию Сырдарьи. В 1612–1613 годах он временно оккупировал Ташкент, где устроил ужасную резню. Его преемником стал способный правитель Абд аль-Азиз (правил в 1645–1680 годах). В этот период в стране царили мир и стабильность. Индийская армия, отправленная падишахом империи Великих Моголов Шах-Джаханом, который мечтал о восстановлении правления Тимуридов в Центральной Азии, в 1645 году вторглась в Балх, но двумя годами позже ушла из-за сурового климата. После смерти Абд аль-Азиза восстание в долине Зеравшана положило начало стадии распада. Около 1710 года люди из Ферганской долины отделились и создали новое государство Коканд. Подробности политической истории этих лет еще предстоит узнать из неопубликованных и в основном пока неизученных манускриптов, хранящихся в библиотеках Центральной Азии. Но маловероятно, что они будут представлять большой интерес. Постоянные междоусобицы между ханами династии Джанидов (даты жизни и правления которых зачастую неизвестны) и ведущими узбекскими
В соседнем Иране режим Сефевидов был свергнут в 1722 году. Пролилось много крови, пока страна разваливалась на части и была снова насильственно объединена Надир-шахом. Все это время бухарский трон был занят очень слабым ханом Абулфейзом, правившим с 1711 до 1747 года. Он покорился Надир-шаху, который вошел в Бухару в 1740 году и остался на троне. Балх был утрачен еще в 1737 году. Многочисленные войны, внутренние беспорядки и голод этого периода стимулировали эмиграцию из Самарканда и Бухары, которая продолжалась много лет, в первую очередь в Фергану, но теперь стала массовой. В этот период и сразу после него при дворе Джанидов стали господствовать «мажордомы» (аталыки) из клана Мангытов, которые превзошли соперников из клана
Существовавшие ранее социальная структура и модель землевладения не претерпели изменений, когда к власти пришли