Шер-хан, теперь Шер-шах, из династии Сури был не только основателем второй недолговечной афганской империи на севере Индии (1540–1545), но также, несмотря на неприязненное отношение историков моголов, удивительно способным правителем, обладавшим превосходными навыками государственного управления и военного командования. За пять лет Шер-шах не только взял на себя управление империей, но также построил высокоэффективный административный механизм и ввел систему государственных доходов, которая служила прототипом еще многие годы. Он также реформировал правовую систему, развил почтовые и коммерческие перевозки, создав почтовые станции на дорогах. В 1545 году он был случайно убит во время осады крепости Каланджар на севере Индии. После его смерти империя Суридов вскоре распалась на части, поскольку его преемники не обладали его достоинствами. Хумаюн, который в 1547 году с помощью иранцев отвоевал Кабул у своего брата Камрана, вошел в Индию и после разгрома Суридов в июле 1555 года вернулся в Дели. В январе 1556 года он погиб в результате несчастного случая.
Сын Хумаюна Джалал ад-Дин Мухаммед Акбар (правил в 1556–1605 годах) родился и вырос в тревожной обстановке. Ему было всего тринадцать, когда умер его отец. Тогда он находился в Пенджабе под опекой туркменского военачальника Байрам-хана, который возвел его на трон, а сам стал регентом. Власть моголов была крайне непрочной. В течение короткого времени были потеряны Агра и Дели, причем исключительно по причине трусости их могольских правителей. Самым значимым лидером противостоящих сил был военачальник Химу, который служил министром у афганского претендента из Суридов Адиль-шаха, но, вероятно, стремился к восстановлению индуистского правления. В 1556 году во время решающего сражения при Панипате Байрам-хан нанес поражение намного более многочисленной армии Химу. В следующем году другой принц из Суридов, Сикандар-шах, который закрепился в Пенджабе, сдался моголам. Акбар выбрал своей столицей Агру. В 1561 году он смог избавиться от опеки Байрам-хана, которая стала для него обузой, и в 1562 году одолел опасный заговор в своем гареме. Окончательно встав на ноги, Акбар начал расширять свои владения. Он сумел построить самую обширную, прочную и надежную империю, которую когда-либо знала индийская история. Длинная серия завоевательных кампаний началась с аннексии Гвалиора в 1559 году, которую произвел Байрам-хан перед своим падением. Малва была завоевана в 1561 году, но в 1563 году внимание Акбара было отвлечено восстанием узбекских командиров в армии. В следующем году была завоевана древняя индусская область Гондвана, и империя, таким образом, оказалась в прямом контакте с двумя деканскими султанатами, Берара и Голконда. Вскоре после этого четыре султаната — Ахмандагар, Бидар, Биджапур и Голконда — объединили свои силы против индуистского государства Виджаянагар. В январе 1565 года они одержали уверенную победу при Таликоте. Правитель индусов был убит, а некогда процветавший город превращен в руины. В результате образовалось несколько мелких государств. Разрушение империи Виджаянагар, которая являлась важным центром средневековой культуры индусов, стало суровым ударом по культуре юга Индии. Оно имело последствия и для Европы. Ведь оказалась разрушенной важная торговля между Гоа и Виджаянагаром, и власть Португалии тем самым была серьезно ослаблена. Границы мусульманского правления в то время не продвинулись на юг, поскольку деканские султанаты, одержав совместную победу, быстро возобновили борьбу между собой.
По мнению Акбара, Декан был особенно желанной целью завоевания; но сначала надо было покорить территории, расположенные к северу от него. В 1568 году Акбар захватил Читор, а в 1569 году — два других важных оплота раджпутов, Рантамбор и Калинджар, сдавшиеся ему добровольно. Тремя годами позже он завоевал и аннексировал Гуджарат. После трехлетней военной кампании в 1576 году была аннексирована Бенгалия, а в 1577 году султан Хандеша признал верховную власть моголов. Самый тяжелый кризис, с которым пришлось столкнуться Акбару, имел место в 1580–1581 годах, когда в восточных провинциях начался мятеж против его религиозной политики, и его младший брат Мухаммед Хаким, которого бунтовщики надеялись посадить на его место, выступил из Кабула, где он был наместником, в Пенджаб. Сам Акбар повел армию на Кабул и восстановил императорскую власть, а другая армия направилась в Бенгалию и успешно сокрушила мятежников. Вскоре император возобновил политику завоеваний с ничуть не уменьшившимся рвением. В 1585–1586 годах был взят Кашмир, в 1591 году — Синд, в 1592 году — Орисса, в 1594 году — Белуджистан, в 1595 году — Кандагар. Все они были включены в империю Великих Моголов. Теперь у Акбара были развязаны руки, и он мог действовать на плоскогорье Декан. Он добился первоначального успеха, завоевав Берар в 1596 году и вернув Хандеш, который уступил в 1601 году, но это были его последние завоевания.