Нур ад-Дин Джахангир (правил в 1605–1627 годах), сын Акбара и индийской принцессы, был человек изменчивого характера, обладавший склонностью к искусству и религии, но не имевший качеств военного лидера и государственного деятеля, которыми обладал его отец. В целом он продолжал политику Акбара, особенно в части терпимости дома и внешних завоеваний. В отношении религиозных проблем он проявлял дальновидность и проницательность. Ортодоксальные мусульмане были шокированы безразличием, которое Акбар, по мере вызревания его идей, выказывал к разным организованным религиям. Джахангир, сохраняя терпимость, помирился с правящей мусульманской элитой, заботясь о благополучии ислама. Таким образом, империя наслаждалась религиозным и политическим миром, и император мог уделять максимум времени искусствам. Он сам был хорошим художником и литератором. Однако он был поражен тем же проклятием, которое лежало на династии Тимуридов. Как и братья, он был горьким пьяницей, да еще и опиумным наркоманом. Пока он активно подрывал свое здоровье, его умная и красивая супруга Нур Джахан укрепляла влияние и прибирала к рукам власть. Бразды правления постепенно перешли к ней. Она даже подписывала императорские декреты, и ее имя чеканилось на монетах. В этих обстоятельствах военная активность не стала заметной чертой правления Джахангира, хотя он все же провел несколько кампаний. В 1614 году
Событием, которое в ретроспективе представляется крайне важным, но в современной империи Моголов почти не привлекло внимания, стало первое появление английских купцов. В 1613 году они получили разрешение Джахангира основать свою первую «факторию» (торговое поселение) на западном побережье, в порту Сурат. С 1615 до 1618 года посол английского короля сэр Томас Роу жил при дворе Джахангира.
Опасность для мусульманских династий из-за отсутствия строго определенных правил перехода власти в исламском праве была наглядно продемонстрирована событиями последних лет Джахангира. У него было четыре сына: Хусрау, Парвех, Хуррам и Шахрияр. Самым способным из них был Хуррам, который в войне против Ахмаднагара добился некоторого успеха, за который получил титул Шах-Джахан. Императрица Нур Джахан, однако, желала сохранить свое политическое влияние и при преемнике своего супруга; хотя сначала она весьма благосклонно относилась к Хурраму, со временем стала смотреть на него как на слишком грозного соперника и перенесла свою благосклонность на ничего собой не представляющего Шахрияра. Хуррам взбунтовался. Началась гражданская война, продлившаяся несколько лет, без каких-либо действий по завоеванию Кандагара. Хуррам постоянно оказывался в проигрыше и в конце концов в 1625 году попросил прощения у отца и получил его. В октябре 1627 года Джахангир умер. Хуррама в это время в Декане не было. Он захватил трон с помощью брата Нур Джахан Асаф-хана, который по его приказу казнил Шахрияра и других возможных претендентов. О его восхождении на престол под именем Шах-Джахан было объявлено в Агре в феврале 1628 года.
Шах-Джахан, правивший в 1628–1658 годах, был более воинственным, чем Джахангир, и это пошло на пользу, поскольку империи в этот момент нужно было более активное военное лидерство. Положение моголов в Декане было настолько непрочным, что Шах-Джахан был вынужден в первые годы своего правления держать в этом секторе большинство своих войск. Ему, в отличие от его отца, удалось добиться успеха. Из пяти султанатов, образовавшихся на плато после краха Бахманийского султаната, самые маленькие, Берар и Бидар, были поглощены соседями, и осталось только три — Ахмаднагар, Биджапур и Голконда. Часть Ахмаднагара была аннексирована Акбаром. Шах-Джахан вторгся в Биджапур в 1632 году и аннексировал Ахмаднагар в 1633 году, после капитуляции исторической крепости Даулатабад. В 1636 году он заключил мир с Биджапуром и Голкондой, которые стали его вассальными государствами под верховной властью моголов.