В этом контексте будущее направление развития зависело в первую очередь от отношения к терпимости нового правителя — Аурангзеба (правил с 1658 до 1707 года). Поскольку он был не только рьяным мусульманином, но и проявлял крайний антагонизм к последователям всех других религий, последствия этого для многонациональной империи Моголов оказались тяжелыми. С узколобым упрямством Аурангзеб продолжал раздувать пламя, которому предстояло уничтожить и его, и всю империю. Он растаптывал чувства своих индуистских подданных в неблагоразумной попытке навязать исламский закон и силой заставить людей принять мусульманскую веру. Крупнейшие индуистские храмы на севере Индии были уничтожены по его приказу, что явилось невосполнимой потерей для индийского искусства. Издавались обременительные дискриминационные эдикты, имевшие целью распространить ислам путем экономического давления. После разрушения храма в Матхуре в 1669 году джатское население региона взбунтовалось, и это восстание было подавлено только после смерти Аурангзеба. Сикхи Пенджаба, приверженцы реформаторской религиозной секты, основанной Гуру Нанаком (1469–1539), также стали врагами режима моголов после того, как Аурангзеб в 1675 году казнил девятого гуру сикхов Тегха Бахадура. Его сын Гобинд Сингх, ставший следующим гуру, позже организовал сикхов в военное братство халсы
(чистых), обязавшееся противостоять силам ислама. Воистину роковым решением Аурангзеба стало в 1769 году возвращение подушного налога — джизьи для всех немусульман, включая феодальную знать, в том числе раджпутских принцев, которые имели законное право на освобождение. Одновременно он создал могольскую администрацию в Джодхпуре, столице раджпутского государства Марвар. Кланы раджпутов, ранее бывшие самыми надежными вассалами империи, за немногими исключениями, восстали против Аурангзеба. Моголам пришлось напрячь все силы, чтобы оказать сопротивление раджпутам в войне 1680–1681 годов, начавшейся после долгой череды других широкомасштабных военных операций, таких как кампания против Ассама в 1661–1663 годах, которую провел Мир Джумла, уроженец Исфахана, назначенный Аурангзебом правителем Бенгалии; захват Читтагонга в 1666 году; а также кампании против мятежных афганских племен на северо-западной границе в 1667–1675 годах. Во время раджпутской войны сын Аурангзеба Акбар перешел на сторону повстанцев. Замысловатая военная хитрость, задуманная его отцом, разрушила планы Акбара; но ему удалось спастись и найти убежище у правителя Маратхи Шамбуджи на Декане. Аурангзеб тотчас собрал войска и выступил на Декан, где остался до конца жизни.Ситуация на Декане заметно изменилась после наместничества Аурангзеба. С подъемом маратхов
на сцене появилась новая сила. У этой индуистской нации был выдающийся лидер по имени Шиваджи (1627–1680). Маратхи, жившие на Западных Гатах, были отважными воинами, и с их помощью Шиваджи смог начиная с 1646 года захватить горные крепости и создать отдельное государство вокруг Пуне. Во время сражений между Аурангзебом, тогда бывшим наместником, и султанами Биджапура и Голконды он расширил свое влияние на район Конкан, что на западном побережье, который использовал как базу для последующих набегов и кампаний. Его силы постоянно росли. Временное отступление имело место, лишь когда он согласился в 1666 году посетить императора и был интернирован в Агре. После романтического побега он постарался как можно скорее вернуться на Декан, меньше чем когда-либо настроенный думать о примирении. В 1674 году Шиваджи, ярый защитник индуизма, непримиримый враг деспотической политики Аурангзеба, короновался, в соответствии с ведическими ритуалами, как независимый монарх. Совет из восьми министров должен был помогать ему управлять согласно древним традициям. Его казна наполнилась в основном благодаря добыче, захваченной во время зимних набегов. Кроме того, в казну поступали деньги от чаутх (четверть) — дань, выплачиваемая регионами, не находящимися под контролем маратхов, взамен на прекращение набегов.В 1680 году Шиваджи умер, оставив государство, протянувшееся от Конкана до Карнатского региона, и армию, равной которой по силе и эффективности не знала индийская история. Стремление к свободе маратхов
не стало меньше и при сыне Шиваджи, которого звали Самбхаджи, хотя тот оказался почти ничем не выдающимся правителем. Как уже говорилось, Шамбуджи принял беглого принца Акбара, сына Аурангзеба, после чего император сам в начале 1682 года появился на Декане.