Мать Елены, Елену Андреевну Ган, известную писательницу-романистку, Белинский называл «русской Жорж Санд». Она умерла, не дожив и до тридцати лет, оставив сиротами двух маленьких дочерей. Их отец, офицер-артиллерист, вел жизнь походную, переезжая с места на место, поэтому дети были отправлены на воспитание к бабушке и деду, занимавшему ответственные государственные посты. Бабушка, княжна Елена Павловна Долгорукова (по мужу Фадеева), не только имела великолепное образование, она была очень доброй, и девочки росли, окруженные любовью и заботой. Семья жила на Украине, затем в средней полосе России, потом на Кавказе.
«Мое детство? В нем баловство и проказы… Бесконечные болезни до семи-восьми лет, хождение во сне по наущению дьявола… Солдаты отца заботились обо мне. Мать умерла, когда я была ребенком», – писала Елена Петровна в мемуарах. Маленькая Елена страстно любила природу, ее тянуло ко всему живому, и родные нередко заставали девочку беседующей с птицами и животными. Надо сказать, что она совершенно их не боялась и любила кататься на необъезженных лошадях. С такой поездкой связан один из многочисленных странных случаев, приключавшихся с девочкой.
Елене было тринадцать лет. Ее лошадь внезапно испугалась и понесла, выбросив всадницу из седла. Девочка ногой запуталась в стременах и повисла. Казалось чудом, что она не упала, пока ловили и успокаивали животное. Но Елена осталась спокойной, ведь ей помогли загадочные силы. Все то время, пока лошадь металась в испуге, чьи-то руки осторожно поддерживали девочку, не давая попасть под копыта и разбиться. Кто же был этим таинственным помощником? Ответ на этот вопрос Елена знала давно. Она обладала способностью видеть кроме окружавших ее людей, предметов и природы и иное. С самых ранних лету Елены проявлялись мистические способности, ее посещали видения. Один из персонажей этих видений был высоким индусом в белых одеждах, которого девочка прекрасно знала в лицо, как всех своих родных, и называла Хранителем. Она говорила, что именно он всегда приходил ей на помощь в трудных или опасных ситуациях.
Однажды совсем еще маленькая Елена подвинула к стене стол, на него водрузила стул, а на него еще один маленький стульчик, чтобы добраться до картины, которую родители закрыли белым полотном. Упершись ладошкой в раму, девочка потянула ткань, но потеряла равновесие и, почти сразу же, сознание. Шаткая конструкция была высокой, дело никак не могло обойтись без ободранных коленок, локтей, а то и чего поопаснее. Но Елена очнулась лежа на полу, целая и невредимая, а самое удивительное, что стол и стулья мирно стояли на своих местах, будто баловница их и не трогала. Свидетельством же того, что все это девочке не приснилось, был след ее ладони на пыльной раме.
Борис Цырков пишет: «Своими незаурядными психическими способностями она изумляла домашних и друзей. Еще в детстве она начала сознавать, что ее жизнь станет каким-то высоким служением». Существует множество свидетельств о способностях спирита и медиума у Елены. С восьми до пятнадцати лет она почти каждый вечер записывала сообщения духа некоей Теклы Лебендорф, рассказывавшей девочке о своей жизни. «Так я писала… четким старинным почерком и на немецком языке (язык, которому я никогда не обучалась и на котором я и теперь еле говорю)», – писала в мемуарах Блаватская. Гораздо позже, повзрослев, Елена стала относиться к медиумизму с большой настороженностью, считая, что занятие это опасное, может, даже не столько для нее, сколько для друзей, присутствовавших на спиритических сеансах.
Кроме медиумизма, который в то время считали одержимостью, Елена обладала и даром ясновидения. Недалеко от летней дачи дети нашли большую песчаную площадку, куда частенько убегали играть. Видимо, когда-то это небольшое плато было дном доисторического моря, там во множестве находились окаменевшие ракушки, останки рыб и зубы неизвестных животных. По словам сестры, Елена укладывалась на землю, зарывала одну руку в песок и, прикрыв глаза, рисовала пальцем другой руки прямо на песке давно вымерших чудовищ, говоря, что она их видит. Потом Елена утратила этот дар. Но и детство уже кончилось, девушку ждал огромный мир.