Однако Федор Иоаннович не только не тронул его, но и вернул в Москву. До 1590 года имя Шуйского не встречается ни в списках воевод при полках и по городам, ни в числе приглашенных к царскому столу, ни среди участников дипломатических переговоров.
В 1590 князь был первым воеводой в Великом Новгороде, а в 1591 году ему вместе с митрополитом Геласием и окольничим А. Клешниным было поручено расследование смерти царевича Дмитирия.
В докладе следователей, объяснивших смерть царевича случайным поранением в припадке падучей и обвинивших Нагих в произведенной смуте и совершенных убийствах, многие историки готовы видели только ловкую подтасовку показаний, произведенную Шуйским с целью добиться расположения не симпатизировавшего ему Годунова.
Но дальнейшая служба князя Василия при царе Федоре не свидетельствует о росте его влияния при дворе. И при царе Борисе, занимая третье вообще и первое среди Шуйских место в думе государевой, Василий не играл крупной роли.
Борис, подозрительно относившийся к боярству, то держал Шуйского в большом почете, то удалял его от двора, не позволял ему жениться вторым браком.
Более того, за лицами, посещавших Шуйских было установленрго наблюдение. Смирившийся пред Годуновым Василий, видимо, и не замышлял в это время измены.
Да и сам царь, не считая его виновным в появлении Самозванца, вверил ему и Мстиславскому главное начальствование над войском, посланным против самозванца.
Они нанесли ему решительное поражение при Добрыничах, а потом осадили Кромы. Вызванный после смерти царя Бориса в Москву, Василий клятвенно уверял волновавшийся народ в самозванстве претендента.
Но очень быстро убедившись в непрочности положения Годуновых, стал распространять слухи о спасении царевича. Первого июня уже открыто заявил, что в Угличе вместо Димитрия был похоронен попов сын и что к Москве идет истинный сын Грозного.
В тот же день Годуновы были свергнуты, Москва признала Димитрия, а князь Василий с братьями сейчас же начал организовывать заговор против нового царя, признанию которого сам так способствовал.
Шуйские спешили и не были достаточно осторожны. Заговор был открыт, и 30 июня князь Василий, как главный виновник, приговоренный «собором» к смерти, готовился сложить голову на плахе «за веру и за правду».
Царь даровал ему жизнь и отправил с братьями в ссылку, конфисковав их имения. Вскоре Шуйские были прощены совсем и возвращены в Москву.
Князь Василий сумел даже добиться расположения Самозванца: получил от него разрешение жениться, сопровождал его вдвоем с одним поляком, когда он инкогнито ездил смотреть на въезд своей невесты в столицу, на царской свадьбе исполнял почетную обязанность тысяцкого. В то же время он уже создавал новый заговорточникам.
В конце 1605 года заговорщики тайно поручили послу Димитрия к Сигизмунду передать королю, что, недовольны своим царем и готовы свергнуть его.
В январе 1606 года царю неоднократно докладывали о кознях его тайных врагов, однако тот не верил всем этим предупреждениям.
Заговорщики, ведя теперь дело с большой осторожностью, действовали успешно, ловко пользуясь недовольством в разных слоях общества, не пренебрегая клеветой для усиления этого недовольства.
Шуйские пустили в ход свои давние связи с торговыми кругами Москвы, вызвали в столицу массу челяди; на сторону заговора были привлечены приготовленные к походу служилые люди; в решительный момент выпустили заключенных.
Чтобы вернее достигнуть цели, заговорщики начали восстание 17 мая лживыми выкриками, что паны собираются побить бояр и царя.
Давно возмущенные высокомерным, заносчивым поведением поляков, москвичи так принялись за них, пока бояре расправлялись с царем, что едва удалось прекратить избиение поляков. Самозванец был убит.
19 мая 1606 года на соборной площади была созвана толпа москвичей, пришли также видные бояре и представители духовенства. Они должны были представлять собой избирательный земский собор. На самом деле, с боярами, членами двора, правительства и духовенством все было обговорено заранее.
Бояре согласились выбрать Шуйского в цари, с тем, что он будет править не иначе, как с согласия бояр. Кто-то вдруг заявил, что следует разослать во все московские города грамоты, чтобы съехались выборные люди для избрания царя.
Однако бояре решили, что этого не нужно, и повели Василия в церковь, где он дал присягу управлять согласно боярским приговорам, никого не казнить без воли бояр, не отнимать у родственников осужденных служилых людей вотчин, а у гостей и торговых людей лавок и домов, и не слушать ложных доносов.
Духовенству гарантировалась неприкосновенность богатств и земельных владений и были обещаны покровительство и поддержка. Кроме того, будущий царь не должен был нарушать сложившуюся при дворе иерархию и самовольно накладывать опалы.
После произнесения Шуйским присяги, бояре присягнули ему в верности.
После этого в спешном порядке по стране стали рассылаться различные грамоты с рассказом о происшедшем в столице, от имени бояр, Марфы Нагой, самого Василия.