В такой обстановке в 1566 г. запросился на покой в монастырь Митрополит Афанасий. Царь хотел, чтобы место его занял архиерей, отличившийся святостью жизни, и в то же время послушный Царю. Оказалось сие невозможным!
Поначалу был вызван архиепископ Казанский Герман («осифлянин», значит, как будто верный сторонник Царя). Но он в первых же разговорах с Иваном IV стал намекать на недопустимость безвинных казней и напоминать о Страшном Суде. Его удалили. Вызвали из Соловецкого монастыря знаменитого игумена Филиппа. Он был из рода бояр Колычевых и в детстве лично знаком Ивану IV. Филипп давно славился подвижнической жизнью и тем, что сумел необычайно благоустроить Соловецкий монастырь, придумав там хитроумные устройства для мельниц, для изготовления кирпичей, для иных работ, наладив с помощью точных расчётов осушенье болот, орошение земель каналами, иные машины и механизмы. Филипп ни за что не хотел становиться Митрополитом в условиях Опричнины. Но его уговаривали собратья — архиереи, стараясь внушить, чтобы он не противоречил Царю, «ради пользы Церкви». Уговаривал и сам Царь. Сошлись, наконец, на том, что Филипп не станет вмешиваться в дела Государева Двора, то есть Опричнины, но не отступит от права «печаловаться» о невинных. Филипп стал Митрополитом Московским и всея Руси. Ненадолго. Он, конечно, не мог видеть ужасные зверства и безобразия и молчать. Однажды Царь вместе со «злейшими» явился на Богослужение в «орденских» одеяниях. «В сем виде, в сем одеянии странном не узнаю Царя Православного», — сказал Митрополит Филипп, — не узнаю и в делах царства..... Мы здесь приносим безкровную жертву Богу, а за алтарём безвинно льётся кровь христианская. Отколе солнце сияет на небе, не видано, не слыхано, чтобы Цари благочестивые возмущали собственную державу столь ужасно». «Что тебе, чернецу, до наших царских советов», — возмущался Иван IV, — "Одно тебе говорю, отче святый, молчи и благослови нас!» Но верный служитель Христов, истинный пастырь врученных ему душ человеческих, в том числе и души Царя, Митрополит Филипп не молчал. «В самых неверных, языческих царствах есть закон и правда, есть милосердие к людям, а в России нет их! Везде грабежи, везде убийства, — и совершаются именем Царским». «О Филипп! — в ярости отвечал Иван Ужасный, — нашу ли волю думаешь изменить! Не прекословь державе нашей, да не постигнет тебя гнев мой, или сложи свой сан!» Митрополит заметил: «Не употреблял я ни просьб, ни ходатаев, ни подкупа, чтобы получить сей сан. Зачем ты лишил меня пустыни?... Я пришлец на земле и за истину благочестия готов потерпеть и лишение сана и всякие муки». Царь-оборотень приходил в исступление: «Чернец! Доселе я излишне щадил вас, мятежников; отныне буду, каковым меня нарицаете» (то есть Ужасным). После этого разговора, кстати, и совершено было массовое изнасилование жён знатных людей, дворян и купцов. Были нарочно устроены и новые казни.28 июля 1568 г. Митрополит служил в Новодевичьем монастыре. Вошли опричники, один из которых не снял в храме скуфью. Филипп сказал об этом Царю, но когда тот обернулся, опричник успел уже снять головной убор. «Советники» Царя зашептали, что Филипп нарочно клевещет. Терпение Ивана IV лопнуло. Был назначен «розыск» с целью найти лжесвидетелей в Соловецком монастыре, которые бы показали о чём-нибудь скверном в жизни Филиппа. Опричники лестью, посулами, угрозами старались склонить Соловецких монахов ко лжи. Ничего не выходило, добрые иноки знали святую жизнь бывшего своего игумена. Только один — игумен Паисий, прельщённый тем, что его сделают епископом, согласился и стал заведомо клеветать на Филиппа. 8 октября в праздник Архангела Михаила во время Святой Литургии Алексей Басманов с опричниками сорвали с Митрополита служебные ризы и, гоня его мётлами, посадили в сани и повезли на судилище. Народ со слезами и стонами бежал за любимым своим архипастырем. Филиппа судили архиереи-потаковники, люди с продажной совестью (и такие тогда были в Церкви). Обвинили в частности, в волшебстве... Лишённый сана, Филипп был заточён в Тверской Отрочь монастырь. Стали казнить родственников его Колычевых. Отрубленную голову племянника Царь велел прислать Филиппу... В следующем 1569 г. Священномученик Митрополит Филипп был задушен Малютой Скуратовым, отказавшись благословить Царя и его поход на Новгород с целью погрома.