Вскоре оказалось, что байло прав. 30 апреля турецкий флот из 400 судов с 50 000 воинов на борту прошел через Дарданеллы. Вначале он, как и объявлялось, направился к Мальте, проплыв мимо Крита и остановившись в Наварино (современный Пилос на юго-западной оконечности Пелопоннеса) для пополнения припасов и оружия. Лишь после того, как корабли отплыли оттуда 21 июня, оказалось, что они сменили курс. Через три дня флот был замечен у мыса Спада, а 25 июня войско захватчиков высадилось к западу от города Канеа и двинулось к городу. Начался первый этап битвы.
Крит (или Кандия, как называли его венецианцы по названию его столицы) был первой законно учрежденной иноземной колонией Венеции, существовавшей с 1211 г., когда произошел раздел Византийской империи после захвата Константинополя франками. Правительство в нем было организовано по образцу венецианского, с наместником, носившим титул дожа (правда, избираемым лишь на два года), синьорией и Большим советом; однако работа этого правительства никогда не была столь же гладкой и качественной.
Самые плодородные части острова были в основном заняты феодальными поместьями, находившимися во владении знатных венецианских семей, чьи несметные богатства и властолюбие никак не могли внушать симпатию местному греческому населению. Семьи эти, в свою очередь, выражали недовольство тем, что они не обладали реальной политической властью, поскольку всех главных чиновников присылали из Венеции, где принимались все важные решения.
В обычные времена защита острова была задачей феодальных рекрутов, которых нанимали и содержали крупные землевладельцы, а также местного ополчения, состоявшего из горожан и крестьян, однако обе стороны старались отделаться от этой обязанности, и дисциплина была либо крайне плохой, либо вовсе отсутствовала. На острове процветали взяточничество и продажность, казна колонии вечно пустовала, что приводило к постоянным расходам венецианских ресурсов. В 1574 г. дошло до того, что некий Джакомо Фоскарини был отправлен на Крит с особыми полномочиями на проведение реформ. Он добился значительных временных успехов, введя более точную систему отчетности и более честные методы налогообложения, искоренил коррупцию, реанимировал войско рекрутов и народное ополчение и починил рассыпавшиеся укрепления; однако после его отъезда жители острова стали возвращаться к прежним привычкам.
Оказавшись лицом к лицу с нависшей угрозой со стороны турок, венецианское правительство инициировало новую мощную программу обороны, отправив проведитору Андреа Корнаро войско в 2500 человек, в том числе военных архитекторов и инженеров, и флот из тридцати галер и двух галеасов в дополнение к уже имевшимся на острове. Готовили еще один флот, который должен был отплыть при первой же возможности. 10 февраля 1645 г. ко всему перечисленному присовокупили особый дополнительный денежный перевод в размере 100 000 дукатов и приказ Корнаро принять любые необходимые меры, чтобы встретить ожидаемое нападение. Корнаро, как и Фоскарини до него, делал свое дело добросовестно и эффективно, однако имевшиеся в его распоряжении средства все же не соответствовали значительности поставленной задачи, да и времени у него оставалось совсем в обрез. В тот роковой июньский день, когда он поспешил на береговой плацдарм, он наверняка уже понимал, что шансы колонии на спасение были весьма слабыми.
Многое зависело от скорости обещанного Венецией флота; если бы он прибыл в течение одной-двух недель, Канеа могла бы спастись. Но корабли не пришли. Корнаро был бы в ужасе, узнай он, что флот получил приказ ждать у Закинфа, пока к нему не присоединится следующая партия из 25 судов, отправленных Тосканой, Неаполем, Мальтийским орденом и папой. Сейчас важнее было время, а не численное превосходство. Турки с каждым днем все больше укрепляли свои позиции. Им сдалась крепость Святого Феодора – правда, лишь после того, как ее командующий Бьяджо Дзулиани, видя, что дальнейшее сопротивление бесполезно, дождался, чтобы турки вошли внутрь, и поджег пороховой склад, взорвав себя, своих людей, нападавших и само здание; этот единственный мощный взрыв, должно быть, явственно услышали в Канеа. Город быстро слабел, снаряжение и припасы подходили к концу, турки постоянно подрывали оборонительные сооружения. 22 августа город сдался. Турки пообещали сохранить жизнь, честь и собственность местного населения – несомненно, в надежде на то, что своевременная демонстрация великодушия заставит и другие города сдаваться по мере продвижения войск по острову. Затем они позволили гарнизону покинуть город с поднятыми знаменами и беспрепятственно отправиться в Суду.