В восточной Венгрии, остававшейся под властью Запольяи, гонение тоже прекратилось по его смерти, когда турки взяли на себя управление этой землей. Таким образом, в Венгрии стали образовываться лютеранские общины; но перешли в нее и догматические споры между протестантами <…> Венгерские немцы держались лютеранства: венгры, принимавшие реформацию, вообще становились кальвинистами. Фердинанд дал венгерским вельможам и городам свободу вероисповедания <…> Протестант Тамаш Надашди получил сан палатина; вторую важнейшую должность, сан главнокомандующего, Фердинанд тоже дал протестанту, Лазарю Швенди. При Максимилиане были расширены права венгерских протестантов, и получили равноправность с лютеранами реформаты, решившие в 1570 году на соборе в Гёнсе присоединиться к женевскому (гельветскому) вероисповеданию. Говорят, что в конце правления Максимилиана только три магнатские фамилии оставались католическими. Венгерское дворянство почти все приняло реформацию; в городах она владычествовала. Епископы не отваживались выказывать неприязнь против реформации, ограничивались миролюбивыми убеждениями в своих хлопотах удержать католиков от перехода в протестантство; с реформацией стала распространяться образованность, увеличивалось число училищ, основывались типографии. В Трансильвании ход дела был такой же; но реформация приобрела там еще больше успеха.
Таким образом, Венгрия, остававшаяся под властью Габсбургов, существовала как составная часть австрийского государства со столицей в Пресбурге (Пожони). При этом венгерские кланы занимали в столице высокие должности, содержали значительные частные армии и роскошные дворы. И они ревностно отстаивали свои права перед Габсбургами, и автономия венгров в составе Австрии была совсем не номинальной.
В XVI веке в Венгрии, особенно в Трансильвании, быстро распространялся кальвинизм, который сильно потеснил католическую церковь. И если католики считали турок небесной карой, ниспосланной за грехи, то согласно протестантской концепции венгры были богоизбранным народом, который просто подвергся суровым испытаниям и должен был доказать в подобных условиях твердость своей веры.
Три австро-турецкие войны (1551–1562, 1566–1568 и 1592–1606) привели к незначительному расширению османских владений в Венгрии. А на венгерских землях католические фанатики сделали все, чтобы в короткий срок вызвать возмущение населения.