Вирусы птичьего и человеческого гриппа могут реплицироваться у свиней, и генетические реассортанты или комбинации между ними также могут быть получены экспериментально. Вероятный сценарий такого антигенного сдвига происходит в природе тогда, когда преобладающий человеческий штамм вируса гриппа А и вирус птичьего гриппа одновременно заражают свинью, служащую сосудом для смешивания. Реассортанты, содержащие гены, происходящие главным образом из вируса человека, но с геном гемагглютинина и, возможно, полимеразы из птичьего источника, способны инфицировать людей и инициировать новую пандемию. В сельских районах Юго-Восточной Азии, самом густонаселенном районе мира, сотни миллионов людей живут и работают в тесном контакте с домашними свиньями и утками. Это вероятная причина пандемии гриппа в Китае. В результате эпидемий гриппа, помимо катастрофы 1918–1919 годов, в этом районе в целом погибло 50 000 или несколько менее человек, хотя в течение года этими новыми штаммами было инфицировано более 1 миллиона человек.
Для объяснения антигенных сдвигов были сформулированы три основные гипотезы. Во-первых, как было описано, новый вирус может происходить из реассортанта, где, к примеру, ген вируса птичьего гриппа заменяет один из генов вируса гриппа человека. Геном вируса гриппа человека группы А содержит восемь сегментов РНК, и в настоящее время считается, что циркулирующий гемагглютинин гриппа у людей был заменен гемагглютинином птиц. Второе объяснение антигенных сдвигов, приводящих к появлению новых эпидемических штаммов вирусов, заключается в том, что штаммы других млекопитающих или птиц становятся заразными для человека. Третья возможность заключается в том, что вновь появляющиеся вирусы на самом деле оставались где-то скрытыми и неизменными, но внезапно выходят, чтобы вызвать эпидемию, как когда-то произошло с «русским» вирусом H1N1. Вирус H1N1 был впервые выделен в 1933 году, потом исчез, когда его заменил азиатский H2N2 в 1957 году. Однако 20 лет спустя вирус штамма H1N1 снова появился, первоначально он был изолирован в северном Китае, а затем распространился по всему миру. Этот вирус гриппа по всем своим генам был идентичен вызывавшему эпидемии среди людей в 1950-х годах. Где вирус находился 20 лет, неизвестно. Мог ли он быть инактивирован в замороженном состоянии, сохранен в животном резервуаре или скрыт каким-то иным способом? Если это так, вернется ли вирус испанского гриппа и каковы будут последствия для человеческой популяции?
Возникающие новые вирусы гриппа заставляют мир сосредоточиться на новой реассортировке и потенциальной пандемии гриппа. Один человек недавно переболел птичьим гриппом H5N1. Птичий грипп H5N1 заразил более 370 человек со смертностью 63 %. 10 мая 1997 года трехлетний ребенок из Гонконга был госпитализирован с гриппом и умер через 11 дней. Выделение и характеристика вируса показали, что это новый патоген для человека, ранее поражавший только птиц50,51. К концу декабря 1997 года было подтверждено 18 случаев заболевания со смертностью 33 %. Молекулярный анализ показал, что белок внешней оболочки вируса, гемагглютинин гриппа, имеет птичье происхождение и это гемагглютинин-5. Способность этого птичьего вируса к репликации у людей была поразительной и вызывала большую озабоченность. Лишь потому, что этот вирус гриппа не смог адаптироваться в достаточной мере для легкого распространения среди людей, новой пандемии удалось избежать. Вирус гриппа H5N1 был обнаружен на рынках домашней птицы в Гонконге, и впоследствии более 1,5 миллиона домашних птиц были быстро уничтожены для предотвращения возможной адаптации вируса к передаче от человека к человеку. С помощью этих мероприятий распространение вируса было ограничено, а его потенциальная адаптация к людям была прервана. Птичий грипп H5N1, впервые выделенный в 1997 году, к 2008 году унес жизни около 60 % людей, пораженных этой инфекцией, но еще не переходил неоднократно или легко от одного человека к другому. Об отдельных передачах среди людей сообщалось, но они происходили в изолированных группах. В таких обстоятельствах представители ВОЗ и местных органов здравоохранения получали предупреждение, приезжали на место болезни, уничтожали всю домашнюю птицу и оказывали помощь людям, контактирующим с инфицированными животными. Вирусный препарат против гриппа Тамифлю часто используется в качестве общей защитной терапии для людей в пораженной области и вокруг нее. Стратегия принесения в жертву всех птиц, способных быть носителями вируса, снижает возможность репликации и распространения вирусов.