После провала ГКЧП Евгений Примаков надолго связывает свою биографию с разведкой. С сентября по ноябрь 1991 г. он - первый заместитель председателя КГБ СССР, начальник 1-го Главного управления КГБ СССР, а после того как управление превратилось в декабре того же года в Службу внешней разведки, возглавил ее. Пребывание Примакова на этой должности ознаменовалось появлением нескольких открытых аналитических докладов, в которых отразилась позиция, кое в чём отличная от внешнеполитического курса МИД под руководством Козырева.
10 января 1996 года Примаков был представлен Ельциным коллегии МИД. Позиции России он отстаивал намного более жестко, чем это делалось в предыдущие годы. А по целому ряду принципиальных вопросов международной политики - таких, как отношение к Ираку, Югославии, расширению НАТО на Восток, - он активно отстаивал взгляды, которые нередко противоречили западному пониманию проблем. По свидетельству газеты "Аргументы и факты", правительства стран третьего мира "не скрывали своего удовлетворения" назначением Евгения Максимовича министром иностранных дел. А известный американский комментатор Сафайр в "Нью-Йорк таймс" писал, что "сообщение о его появлении на посту российского министра иностранных дел вызвало холодное дрожание Запада". Западные журналисты, по аналогии с одним из наиболее известных министров иностранных дел Андреем Громыко, часто называли Примакова "мистер НЕТ". Сам глава внешнеполитического ведомства однажды с улыбкой заметил: "Иногда на некоторые вопросы могут быть очень простые ответы. Твой собеседник думает, что ты настолько умен и хитер, что просчитываешь все на несколько ходов вперед и принимаешь все решения с определенным прицелом. На самом деле это далеко не всегда так".
В мае 1998 г. МИД посетил Борис Николаевич Ельцин, что обозревателями было расценено чуть ли не как сенсация. Глава российского внешнеполитического ведомства был награжден высшим российским орденом. Были выделены бюджетные средства на ремонт помещения. Президент подчеркнул "особую роль" министра и дал высокую оценку работе МИДа, указав, что российская дипломатия стала более принципиальной и приобрела умение "добиваться поставленных целей".
Евгений Максимович Примаков напишет позднее: "Когда я пришел работать в МИД, то мы собрались - мои заместители и руководители соответствующих департаментов - для анализа возможных вариантов действий в ответ на расширение НАТО. Первый. Заявить, что мы категорически против и вести дело к тому, чтобы этого не произошло. Естественно, это означало бы обострение отношений с США, странами Западной Европы. Второй вариант - согласиться полностью и, как говорится, "не рыпаться". И, наконец, третий вариант: не соглашаться с расширением НАТО, минимизируя негативные для нас последствия от этого процесса. Был выбран третий, как оказалось, правильный вариант. Потому что обострять отношения со всеми странами НАТО контрпродуктивно".
Черты, которые проявил Евгений Максимович Примаков на должности министра иностранных дел, не остались незамеченными российскими политиками. Принципиальность, патриотизм и честность Примакова сыграли главнейшую роль как в выборе президента страны, так и в согласии с ним Госдумы России. И потому после августовского кризиса с сентября 1998 г. по май 1999 года Евгений Примаков был председателем правительства России. Именно в этот период российская экономика стала на путь выздоровления. Рост мировых цен на нефть создал для страны довольно благоприятную обстановку и правительство Примакова выжало из них максимум возможного, благодаря чему Россия пережила кризис довольно быстро. Сразу после назначения его премьером правительства в одном из интервью Примаков скажет: "Совершенно ясно, что экономическое развитие в 90-е годы привело к кризису августа 98-го. Конечно, положение усугубил мировой финансовый кризис. Но кризисные явления такой глубины, которые мы наблюдали в августе 98-го года, не могли просто быть следствием чего-то происходящего вовне страны. Я думаю, что это логический результат той экономической линии, которая осуществлялась в 90-е годы. Иными словами, это кризис "псевдолиберализма", который базировался на отрицании роли государства в переходный период к рыночной экономике. Это - отход от цивилизованного рынка".