Военно-политическое руководство посчитало необходимым первым делом подвести под начавшуюся тотальную борьбу с террором и другими проявлениями антигосударственной деятельности мощную основу в виде принятия беспрецедентного количества соответствующих законов и подзаконных актов. При этом фундаментом под законотворчество явилась одобренная президентом Дж. Бушем-младшим 1 марта 2005 года Национальная контрразведывательная стратегия США. Данный документ, опиравшийся на закон «О национальной безопасности» от 1947 года, тем не менее, по отзывам специалистов, имел ряд существенных недостатков, выражавшихся в целом в нечеткости изложения тех положений, которые касались непосредственной практической деятельности контрразведчиков. Поэтому уже в 2007 году была обнародована новая версия Национальной контрразведывательной стратегии, разработанной под личным контролем руководителя национальной контрразведки Дж. Бреннера, который продолжил курс своих предшественников на формирование так называемой наступательной контрразведки, предполагающей более активные действия контрразведчиков, в том числе и за рубежом. Документ содержал семь положений (статей), которые охватывали всю сферу контрразведывательной деятельности и были изложены более ясным языком, не допускавшим двояких толкований. Одно из положений напрямую касалось военной машины страны — «Контрразведывательная поддержка вооруженных сил», что, помимо всего прочего, выглядело вполне логичным в условиях затянувшихся войн в Ираке и Афганистане [1, с. 95]. Характерно, что задачи контрразведывательной защиты вооруженных сил трактовались в этом документе весьма широко. Они возлагались не только на министерство обороны и военную контрразведку, но на все контрразведывательное сообщество страны. В феврале 2009 года была опубликована новая версия Национальной контрразведывательной стратегии. По структуре и содержанию она в целом не отличалась от варианта 2007 года. В то же время в текст документа были внесены некоторые дополнения, которые отражали новые вопросы и акценты в контрразведывательной повестке США. Речь, в частности, шла о контрразведывательной защите киберпространства США и парировании контрразведывательных рисков в логистических цепях и процессе поставок оборудования и программ для стратегически важных систем и объектов. Через год вышел очередной вариант стратегии, также фактически воспроизводивший текст предыдущего года. Он появился после публикации Национальной разведывательной стратегии США 2009 года, которая впервые подняла контрразведку на уровень приоритетной миссии Разведывательного сообщества США. Разведывательная стратегия выдвигала задачу интеграции контрразведки со всеми аспектами разведывательного процесса для информационного обеспечения политики и операций. Таким образом, в начале XXI века в США сложилась практика подготовки и обнародования контрразведывательной стратегии как основного доктринального документа американской контрразведки в целом, в котором военным аспектам отдавался явный приоритет.
Опираясь на новую стратегию, в рамках национальных вооруженных сил был обновлен и частично переработан комплекс регламентирующих работу военной контрразведки документов, в том числе Полевой устав FM 2–0 «Разведка» (2010), служащий, в свою очередь, основой и руководством в деятельности военных контрразведчиков.
Следует признать, что в целом забота руководства страны о контрразведке принесла свои плоды: за последние более чем десять лет крупных террористических актов на территории США не произошло. Тем не менее имели место менее масштабные акции, имевшие прямое отношение к тривиальному, главным образом индивидуальному террору, в том числе и в рядах американских вооруженных сил. Так, например, уже после начала тотальной борьбы с терроризмом американской контрразведкой были выявлены потенциальные террористы из числа граждан США, мусульман по вероисповеданию или новообращенных в ислам, являвшихся военнослужащими регулярных ВС и их резервных компонентов, такие, например, как Пол Рафаэль Холл, Али Мохаммед и некоторые другие. Данные факты вынудили контрразведчиков, и прежде всего военных, обратить самое серьезное внимание на систему комплектования национальных вооруженных сил, включая учет религиозной ориентации призывников-добровольцев. К глубокому разочарованию руководства США, среди выявленных потенциальных террористов оказалось весьма значительное количество тех, кто прошел тщательный отбор для службы в ВС США в Ираке и Афганистане, что неоднократно приводило к серьезным инцидентам в местах расквартирования американских войск в обоих государствах.