Если бы союзники сразу поднажали на немецкие войска, они могли бы отрезать их главные силы, поскольку, как обычно, приказ на отступление был получен слишком поздно. Но основная масса немецких войск ушла через долину Роны в ущелье Бельфор. Быстроходные десантные паромы 6-го сектора береговой обороны под командованием капитана 3-го ранга резерва Германа Поленуа, имевшие небольшую осадку, поднялись насколько могли вверх по Роне, что давало возможность отступавшим армейским частям в случае необходимости переправляться с одного берега на другой.
На Средиземном море за высадкой в Южной Франции последовали меньшие по масштабам десанты в Греции, откуда немцы были вынуждены эвакуировать свои войска из-за вступления русских войск в Румынию и Болгарию. Союзники уничтожили много конвоев и отдельных небольших судов с отступавшими войсками, главным образом в Адриатическом море. Остров Крит и острова в Эгейском море были отрезаны. В мае 1945 г. греки захватили Родос, очевидно, чтобы иметь предмет для торга на мирной конференции.
Гитлер приказал превратить все крупные французские порты в крепости и защищать их до последнего, чтобы не дать противнику их использовать. Это, несомненно, доставило некоторые неудобства союзникам, но не могло иметь решающего влияния на ход кампании. К середине сентября они перевезли в Европу 2,2 млн человек, 450 тыс. боевых и транспортных машин и почти 4 млн т снаряжения, практически не пользуясь портами.
После прорыва немецких позиций у Авранша американцы двинулись на запад и 17 августа захватила Сен-Мало, который был уже сильно разрушен. Неукрепленная немецкая береговая батарея калибра 19 см на острове Сезембр напротив входа в залив Сен-Мало держалась до 2 сентября 1944 г. 18 сентября американцы взяли Брест, который защищали армейские части и моряки под командованием генерала Германа Рамке. Остальные бискайские порты – Лорьян, Сен-Назер, Ла-Рошель и Руайан – были теперь отрезаны. Значительную часть оборонявшихся составляли моряки; поскольку боевых кораблей в строю почти не осталось, экипажи тральщиков пополнили гарнизоны укреплений или были направлены на внешний фронт обороны. Руайан союзники взяли штурмом в апреле 1945 г., чтобы обеспечить возможность плавания по Жиронде и использовать порт Бордо.
Все порты к востоку от плацдарма были захвачены, за исключением Дюнкерка, где контр-адмирал Фридрих Фризиус отважно держался до окончания войны. В ходе операций союзники проложили не менее шестнадцати подводных топливопроводов под Ла-Маншем от Англии до Булони.
Важный порт Гавр был занят противником 12 сентября. В ходе операций по доставке туда морем грузов и при отходе флотилий береговой охраны происходили частые жестокие ночные стычки около берега и к северу от города, в ходе которых погибли несколько быстроходных десантных барж и других малых кораблей. Аналогичная ситуация возникла при отступлении немцев из Бреста в Лорьян, когда 7-я флотилия сторожевиков понесла тяжелые потери. Германские эсминцы «Z-32» и «ZH-1» были потоплены в бою у острова Эссан 9 июня 1944 г. «Меве», «Кондор», «Фальке» и «Грейф» погибли в порту Гавр или на подходах к нему. «Z-24» и «Т-24» потопила авиация в устье Жиронды. Вышедший из строя «Z-37» был взорван экипажем в Бордо, а «Z-23» – в Ла-Паллисе, получив повреждения во время атаки с воздуха. В начале вторжения немецкие флотилии береговой охраны насчитывали 476 кораблей. Когда 8 сентября 1944 г. было упразднено единое командование этими флотилиями, 2-й и 3-й сектора обороны уже потеряли по 100 кораблей каждый, а 4-й – 50. Уйти в Германию удалось лишь некоторым кораблям 2-го сектора; все другие остались на островах Ла-Манша или в портах Бискайского залива.
Острова в Ла-Манше союзники штурмовать не стали. Ночью 8 марта 1945 г. отряд немецких кораблей – четыре тральщика типа М, три быстроходные десантные баржи и шесть других кораблей под командованием капитан-лейтенанта Иоганна Мора предприняли оттуда набег на небольшой порт Гранвиль, используемый американцами в качестве базы снабжения. Нападавшие высадились на берег, взорвали несколько судов, разрушили портовые сооружения и ворота судоходного шлюза, обстреляли переполненные казармы и освободили некоторое количество пленных. Уходя, они увели груженный углем транспорт и в море потопили американский сторожевик. Потери немцев оказались незначительны; один тральщик пришлось взорвать в Гранвиле после того, как он сел на мель во время неожиданно сильного отлива.