Кампания в России также, до некоторой степени, сказалась на снижении успехов подводной войны. После того как немецкая авиация была переброшена из Средиземного моря в Россию, средиземноморский флот англичан смог высвободить часть эскортных кораблей, которые были затем использованы для усиления противолодочной обороны конвоев в Атлантике. Кроме того, штаб ВМС использовал на Балтике восемь подводных лодок из учебной флотилии, три из которых находились вблизи Хельсингёра на случай попытки прорыва англичан в Балтийское море. Остальные пять действовали с незначительным успехом в районе Финского и в Рижском заливе, поскольку там было мало целей. Однако они потопили три русские подлодки и несколько небольших судов, при этом одна лодка подорвалась на мине и погибла. Кроме того, две малые лодки были направлены в район Шетландских островов на случай, если англичане попытаются двинуться в сторону Норвегии. При этом обучение подводников пришлось частично перевести в западную часть Балтики и даже в Норвегию, что вызвало задержки в сроках их подготовки. К концу августа, когда стало ясно, что русский флот не проявит активности, все эти мероприятия были отменены.
С июля две подводные лодки дежурили в Арктике. В сентябре их число приказом Гитлера было увеличено до четырех, поскольку он боялся, что англичане могут высадиться в Северной Норвегии или начать военные поставки в Россию. Хотя конвои в Россию еще не отправлялись, дежурство на Крайнем Севере требовало от четырех до шести подводных лодок из-за протяженности путей подхода от базы до района действий. Таким образом, из 36 подводных лодок, которые обычно находились в море в сентябре и октябре, численность субмарин, фактически действующих против судоходства в Атлантике, составляла от 10 до 20. Они объединялись в несколько групп, которые прочесывали обширный, но весьма перспективный район между Исландией, Испанией и Ньюфаундлендом. В сентябре два конвоя противника были перехвачены около Гренландии и еще два – к юго-западу от Ирландии. В этих операциях приняли участие в общей сложности 28 подводных лодок. Из них была потеряна только одна и потоплено 33 судна противника. В сентябре общий тоннаж потопленных судов достиг 202 тыс. брт, а в октябре – лишь 157 тыс. брт. Тогда удалась только одна крупная операция, когда в 400 милях к юго-западу от Исландии был атакован конвой SC-48. За две ночи подводные лодки потопили девять торговых судов и два корабля охранения, а также повредили американский эсминец «Керни», а сами потерь не имели. Другой, быстроходный (11 узлов) конвой они преследовали на протяжении 800 миль, но потопили только одно судно, поскольку тот имел сильное охранение. В одной из нескольких менее масштабных атак был потоплен войсковой транспорт «Орания». Очень часто туман и штормовая погода не позволяли лодкам добиться успеха, когда казалось, что добыча уже у них в руках. Однажды лодки преследовали конвой, шедший из Гибралтара, в течение одиннадцати дней, но безрезультатно.
В ноябре число подводных лодок в море уменьшилось и не удалось обнаружить ни одного конвоя. Лодки растянулись вдоль 500-мильной линии от Ирландии до Азорских островов, чтобы перехватить конвои, идущие на север из Гибралтара и Сьерра-Леоне. Но прежде чем они успели что-нибудь сделать, 22 ноября штаб руководства войной на море приказал им сосредоточиться у Гибралтара и в Средиземном море. Ситуация в Средиземном море, начавшая ухудшаться еще с августа, заставила Гитлера направить туда подводные лодки. Через месяц первые шесть лодок прошли Гибралтарский пролив, а в ноябре за ними последовали еще шесть. 16 ноября еще восемь лодок попытались пройти пролив. Попытка удалась только пяти: одна лодка была потоплена, а еще две, получив повреждения, возвратились во французскую базу в Атлантике.
Германия боялась, что англичане и войска «Свободной Франции» высадятся в Северной Африке. Поскольку подводные лодки были единственным имеющимся в распоряжении средством, способным воспрепятствовать такой высадке, то большой группе лодок было приказано занять позиции по обе стороны Гибралтарского пролива с задачей нанесения максимального урона проходящим там конвоям. Но в этих местах море обычно спокойное, а видимость хорошая. Эти условия не благоприятствовали подводникам, достигшим незначительных результатов. Таким образом, нерешительность средиземноморской стратегии стран Оси в 1940-м и 1941 гг. привела теперь к нерациональной отправке подводных лодок в эти воды, что вызвало приостановку операций в Атлантике в то самое время, когда вводилось в строй все больше и больше новых подводных лодок.