Капитуляцию Генуи наряду с австрийскими генералами принимал и английский адмирал Кейт. Пораженный беспримерным мужеством французов, он сказал настаивавшему на почетных условиях капитуляции Массене: «Генерал, вы так геройски оборонялись, что мы не можем вам ни в чем отказать». 2-месячная оборона Генуи завершилась 5 июня 1800 года, когда французы покинули город. Через 9 дней произошло знаменитое сражение при Маренго, в котором Наполеон разгромил австрийскую армию Меласа. Немалый вклад в достижение этой славной победы внесла героическая оборона Генуи, отвлекшая на себя значительные силы противника. 24 июня 1800 года Наполеон назначил Массену главнокомандующим французскими войсками в Италии (объединенные силы Резервной и Итальянской армий, а также ряда отдельных корпусов). Это была награда за оборону Генуи, обессмертившую имя Массены. Но прошло всего несколько недель, и Наполеону пришлось пересмотреть свое решение. Дело заключалось в том, что, получив пост главнокомандующего, Массена без промедления принялся извлекать из него всевозможные материальные выгоды. Грабежи и мародерства, давно уже укоренившиеся во французской армии, приняли при новом главнокомандующем повальный характер, превратившись в хроническую болезнь, разъедавшую и без того не очень здоровый армейский организм. При этом сам главнокомандующий не только не принимал никаких мер по пресечению всех этих безобразий, но зачастую и санкционировал их. Возмущенный таким поведением Массены первый консул 13 августа 1800 года отстранил его от командования, заменив генералом Г. Брюном. Однако отправить своего старого соратника в отставку Наполеон все же не решился, хотя и перевел его на половинное жалованье. Зная, как трепетно относится Массена к деньгам, Бонапарт расчетливо нанес удар по его самому больному месту. Правда, уже через месяц первый консул смилостивился и назначил опальному генералу жалованье в полном размере (30 тыс. франков в год). Только через 2 года после заключения Люневильского мира (9 февраля 1801 года), завершившего войну со 2-й антифранцузской коалицией, Наполеон назначил находившегося все это время не у дел Массену членом Законодательного корпуса (1803), хотя летом 1802 года тот публично высказался против пожизненного консульства Наполеона Бонапарта. В Законодательном корпусе обиженный на первого консула Массена примкнул к его противникам, открыто порицавшим переворот 18 брюмера и установившийся после него авторитарный стиль правления. Его подчеркнутая самостоятельность, строптивость и неуступчивость, дружба с генералом Ж. Моро и другими оппозиционерами, открытое выступление против установления во Франции империи и другие демарши Массены вызвали неудовольствие Наполеона. Вместе с тем необходимо отметить, что работа в Законодательном корпусе (дебаты, дискуссии, обсуждение разного рода проектов и т. п.) не устраивала генерала. Она была не для него, и он откровенно тяготился своим положением, тем более, что этот орган, как, впрочем, и сенат, был органом чисто ритуальным, ничего не решавшим и ничего не определяющим. Наполеон же не терял надежды «приручить» талантливого генерала, героя Риволи, Цюриха и Генуи и многих других сражений.
Несмотря на его удаление из армии и явную оппозиционность, первый консул продолжает оказывать Массене знаки внимания наравне с действующими генералами. В октябре 1801 года он награждает его почетной саблей (за оборону Генуи), в 1803 году — вновь учрежденным орденом Почетного легиона, в 1804 году — командорским крестом ордена Почетного легиона. 19 мая 1804 года, когда во Франции было восстановлено звание маршала, Массена, несмотря на то, что продолжает оставаться вне армии, получает его наряду с другими высшими военачальниками. В основном списке из 14 генералов, удостоенных этого высшего воинского звания, его имя значилось 5-м (после Журдана). Но и тут до крайности самолюбивый Массена чувствует себя уязвленным. Когда друзья кинулись поздравлять его с новым отличием, то он не удержался, чтобы не выразить своего неудовольствия по этому поводу: «О, да, одним из восемнадцати!» — воскликнул «любимое дитя победы» (он имел в виду еще 4 почетных маршалов). Об этом сразу же стало известно императору, но он просто пропустил мимо ушей эту непочтительную реплику своего старого соратника. 2 февраля 1805 года вместе со всеми остальными маршалами Массена удостоился высшей награды наполеоновской Франции — Большого креста ордена Почетного легиона.