Массена, вступив в командование, не принял никаких мер против обнаглевших казнокрадов и всякого рода стяжателей, чем сразу же восстановил против себя войска. Теперь его алчность и лихоимство, которыми он уже давно грешил, впервые встретили отпор со стороны подчиненных. В то время, когда войска терпели неимоверные лишения, вороватые чиновники не жалели денег на сомнительные удовольствия, прожигая огромные суммы в городских притонах, а личные сундуки Массены ломились от награбленных ценностей. Это все прекрасно знали. Возмущение нарастало. И вот 23 февраля 1798 года офицеры римского гарнизона, собравшись на совещание, открыто потребовали от своего командующего прекратить казнокрадство чиновников и все творимые ими безобразия. В своем обращении к командующему они весьма прозрачно указывали на главного виновника сложившегося положения. Однако Массена отверг предъявленные обвинения и приказал вывести большую часть гарнизона из города. В ответ войска отказались ему повиноваться. Сложилась обстановка, близкая к бунту. Офицеры-заговорщики обратились напрямую к Директории, потребовав отстранить Массену от занимаемой должности. В своем обращении к правительству Республики они, в частности, заявляли «о вымогательствах и грабежах, совершаемых повсюду, где Массена командовал». В подтверждение приводился длинный список примеров, обличающих командующего. Перед угрозой открытого мятежа Директория была вынуждена отозвать скомпрометировавшего себя генерала. Сдав командование генералу К. Даллеманю, Массена уехал в Париж, где употребил все свое влияние, чтобы смягчить участь офицеров-заговорщиков.
Более года он оставался не у дел, пока в апреле 1799 года не был назначен командующим войсками в Швейцарии в связи с начавшейся войной со 2-й антифранцузской коалицией и первыми неудачами республиканских войск. Сразу же со вступлением в должность Массена решил действовать наступательно. Перейдя Рейн, возглавляемая им армия (свыше 70 тыс. человек) подступила к австрийской крепости Фельдкирх. Но штурм этой крепости окончился неудачей, и Массене пришлось отступить. После того, как Журдан на Рейне и Шерер в Италии потерпели поражения, положение Массены в Швейцарии сделалось угрожающим, и он тоже вынужден был начать отступление. К осени 1799 года положение на фронтах для Французской республики стало почти катастрофическим. Русско-австрийская армия А. В. Суворова, наголову разгромив французов, овладела почти всей Северной Италией и угрожала вторжением во Францию. На Рейне положение французских войск также было ненамного лучше.