В создавшейся обстановке Директория подчиняет Массене в оперативном отношении Рейнскую и Дунайскую армии (каждая из них имела численность не более 30—40 тыс. человек). К тому же эти малочисленные армии были растянуты на широком фронте. Австрийские войска, которыми командовал эрцгерцог Карл, имели значительное численное превосходство. Когда австрийцы двинулись на Рейн, оставив находившийся в Швейцарии русский корпус генерала А. М. Римского-Корсакова (24 тыс. человек) без должной поддержки, командующий французской Швейцарской армией Массена незамедлительно воспользовался этим и в 2-дневном сражении при Цюрихе (25—26 сентября 1799 года) разгромил его. Эта победа Массены окончательно устранила угрозу вторжения союзных войск во Францию. Затем Массена попытался разгромить пробивавшийся с боями через Альпы на соединение с войсками Римского-Корсакова русский корпус Суворова (свыше 20 тыс. человек), но потерпел неудачу. Изумленный беспримерным героизмом суворовских чудо-богатырей Массена тогда воскликнул, что отдал бы все свои победы только за один Швейцарский поход Суворова. Такова была оценка военного искусства русского полководца признанным во Франции мастером горной войны. И Массена прекрасно отдавал себе отчет в том, что он говорил. Положение Суворова, только что наголову разгромившего некогда победоносную Итальянскую армию, предводимую лучшими полководцами Французской республики Моро, Макдональдом и Жубером, было безвыходным, можно сказать, безнадежным. Оно создалось в результате эгоистичного, граничившего с предательством поведения тогдашних союзников России австрийцев. Получив из рук Суворова завоеванную им Италию, откуда их два года назад изгнал Наполеон Бонапарт, эти союзнички поспешили выпроводить русских из этой страны. По их плану Суворов с русскими войсками должен был перейти в Швейцарию, присоединить к себе находившийся там корпус Римского-Корсакова, а затем осуществить вторжение во Францию. Но после разгрома французами корпуса Римского-Корсакова находившийся в Альпийских горах Суворов оказался в ловушке, выход с гор ему был закрыт. Противник располагал многократным превосходством в силах. Выхода у Суворова не было, ему предоставлялось на выбор два варианта: гибель или плен. Но старый русский полководец, не потерпевший за всю свою долгую боевую жизнь ни одного поражения, не позволил врагу растоптать свою, добытую в бесчисленных сражениях боевую славу, и с блеском вышел, казалось бы, из безвыходного положения. Его чудо-богатыри штыками проложили себе дорогу вперед, разгромив превосходящего в силах противника.
Благодаря победам Массены (после победы при Цюрихе его войска нанесли ряд поражений и австрийцам) положение Французской республики значительно улучшилось. Франция как бы негласно признала его «спасителем Отечества» (после измены генерала Ш. Пишегрю это звание никому больше во Франции официально не присваивалось). Так его назвал и возвратившийся в это время из Египта Наполеон Бонапарт. В кампании 1799 года во всей полноте раскрылся полководческий талант Массены.