Он без колебаний обвинил Уилмота, что тот позволил Эссексу с его войсками дойти до Глостера, а Гарри Перси – в провале снабжения Ньюпорт-Пагнелла, и, таким образом, нажил себе среди друзей королевы двух непримиримых и коварных врагов. Молодые придворные, у которых возникали проблемы из-за их военной некомпетентности, делали язвительные замечания в его сторону с безопасной высоты своего привилегированного положения. Сын Эндимиона Портера жаловался на «хмурые взгляды, которые его высочество соизволил бросать на меня», но хмурые взгляды ничего не могли сделать с высокомерным неподчинением этих привилегированных придворных. Другие, которые считали, что, на их вкус, принц слишком прямолинеен и своеволен, скрывались от него на гарнизонной службе. Между тем кавалерия после летних рейдов вышла из-под контроля, и его осаждали жалобами. Кавалеристы, расквартированные в Ньюбери, ни в грош не ставили коменданта соседнего замка Доннингтон полковника Бойса, а офицеры подначивали их досаждать пехоте. Между разными полками возникали недоразумения из-за квартир, регулярно случались стычки из-за размещения и фуража. Один предприимчивый младший кавалерийский офицер повел своих людей воровать и грабить на большой дороге ради личной выгоды и при общей путанице в полномочиях не соблюдал дисциплины, заявляя, что подчиняется некоему полковнику, который находился слишком далеко, чтобы повлиять на него. С помощью преданных людей Руперт делал все возможное для поддержания порядка, но проблема была слишком масштабной, чтобы ее мог решить один человек.
Неразбериха и споры по поводу старшинства командиров не знали конца. В Южном Уэльсе и прилегающих к нему болотах самым способным и эффективным командующим на тот момент был сэр Уильям Вавасур. Поначалу он помогал маркизу Вустеру и лорду Херберту набирать войска после разгрома их первой армии при Хайнеме. Вскоре, к большому недовольству лорда Херберта, военный совет в Оксфорде стал отправлять приказы непосредственно Вавасуру. После этого Вавасуру оставался один шаг до того, чтобы начать действовать независимо от Херберта, который, как он намекал, не пользовался популярностью в Южном Уэльсе. Вавасур считал, что он должен командовать если не в самом Уэльсе, то хотя бы с английской стороны границы. К сожалению, двое других питали такие же надежды. В Северном Уэльсе старый архиепископ Уильямс после отъезда из Йорка засел в своем укрепленном замке Конвей и заявил, что является королевским комендантом, чем сильно возмутил сэра Артура Кейпела, которого король назначил своим командующим в тех местах, и наиболее активное роялистское дворянство, считавшее, что планы архиепископа постоянно входят в противоречие с их собственными.
Наряду с победами короля споры между командирами множились и расходились кругами от пронизанного интригами двора. В награду за денежные пожертвования и военные заслуги король щедро раздавал баронство и рыцарство, но с ростом числа награжденных росло и число недовольных. Байрон, получивший после Ньюбери титул пэра, хотел, чтобы его назначили губернатором к принцу Уэльскому, и пытался заручиться помощью Руперта. Он сетовал, что именно его, а не какого-нибудь богатого олдермена из Честера следовало сделать губернатором этого города. Хертворд, которого с почетом освободили от его воинских обязанностей, продолжал уверенно вмешиваться в дела армии, и его кандидат на должность губернатора Уэймута, молодой влиятельный в тех местах джентльмен Энтони Эшли Купер, обошел военного, которого продвигал принц Мориц. Через шесть месяцев Эшли Купер перешел на сторону парламента, но жалеть было уже поздно.
И все же раздоры в штабе короля, похоже, были не такими глубокими, как на стороне парламента. Эссекс и Уоллер открыто враждовали, сын лорда Сея Нэт Файнс, взбешенный обвинениями в трусости, потребовал расследования обстоятельств сдачи Бристоля и после сурового разбирательства был приговорен к смерти. По стране пошли слухи, что лидеры парламента переправляют свои ценности в Голландию или даже в Новую Англию, и, пока его друзья и враги соревновались, кто больше верит в то, что «их последняя надежда – благословенные братья-шотландцы», сами шотландцы с опаской смотрели на сектантов, наводнивших Лондон и армию.