В то время как в Вестминстере были разработаны детали военного соглашения, в Эдинбурге правительство приняло меры, чтобы предотвратить возникновение любого роялистского движения внутри Шотландии. «Торжественную лигу и Ковенант» нужно было распространить по всей стране, чтобы мужчины подписали ее, а неграмотные женщины дали торжественную клятву устно. В Стерлинге, где предвиделись трудности, документы сопровождали три отряда конницы. Заметные протесты имели место только на земле Гордонов вокруг Абердина. Хантли, этот сбитый с толку разорившийся глава Гордонов, ничего не делал, но сэр Джон Гордон из Хаддо опубликовал королевское осуждение нового Ковенанта и призывал членов своего клана не подписывать его. Однако Аргайл внес в клан Гордонов фатальный раскол тем, что привлек на свою сторону популярного старшего сына Хантли лорда Гордона. Этот молодой человек, сын сестры Аргайла, не был любимцем своего отца. Он подписал Ковенант и вошел в Абердин с сотней всадников. Активный радушный и любимый своим кланом больше, чем его надменный отец, он привел к подписанию Ковенанта большую часть своих соседей-дворян.
Гамильтон сделал последнюю попытку объединить друзей короля, но роялисты не доверяли ни его лояльности, ни его суждениям. Их самые отважные руководители Монтроз и Огилви уехали в Оксфорд, а Хантли показал свою беспомощность перед лицом собственного сына, примкнувшего к ковенантерам. Роялисты решили, что при таких обстоятельствах не могут бунтовать, и Гамильтон в смятении духа поехал в Оксфорд сообщить о своем провале, в то время как его несгибаемая мать подняла мужчин в своих землях для пополнения армии ковенантеров. Французский посланник, спешно отправленный д’Аркуром в Шотландию, чтобы посмотреть, сможет ли он предотвратить расползание войны, вернулся назад с мрачными вестями. Шотландцы больше не были заинтересованы в традиционной дружбе с Францией. Они упрямо и ошибочно верили, что Франция хочет помочь королю, а старый протестантский вояка лорд Ливен, опьяненный перспективой протестантского крестового похода, твердил об объединении с французскими гугенотами и свержении папы после изгнания папистов из Англии.
Для образа мысли ковенантеров было типично сочетание болезненного фанатизма с вниманием к практическим деталям. Планы на будущее были призрачными, но неотложные меры – кристально ясными. Ближе к концу ноября стороны заключили военное соглашение: шотландцы пошлют в Англию 18 000 пехотинцев и 2000 всадников с соответствующим эшелоном артиллерии. Англичане будут платить этой армии до окончания войны и не станут заключать мир без участия шотландцев.
В то время, когда шли эти переговоры, Джон Пим серьезно болел. Он не мог есть и стремительно худел, мало спал и часто терял сознание от слабости. Однако по-прежнему посещал парламент и все так же, не жалея сил, работал над созданием и укреплением альянса с Шотландией, который в конце концов был официально оформлен в Эдинбурге 23 ноября. В тот же день в Лейт прибыл принадлежащий парламенту корабль с первым траншем обещанных денег, денег, которые ни за что не удалось бы найти, если бы не финансовая ловкость неутомимого Пима. Спустя две недели, в 7 часов вечера 8 декабря 1643 г., он умер.
Кавалеры сразу же заявили, что он, подобно царю Ироду, был заживо «съеден червями». Парламентарии утверждали – и это было более правдоподобно, – что Пим слишком много работал и умер от переутомления. Однако посмертное заключение, подписанное самым знаменитым лондонским доктором Теодором де Майерном и еще шестью врачами, ясно указывает, что у него был рак нижнего отдела кишечника. После двух дней прощания с покойным его с почестями похоронили в Вестминстерском аббатстве. Шотландцы, осуждавшие погребальные церемонии, как пережитки папизма, отказались присутствовать. Стивен Маршалл со скорбным красноречием прочитал перед потрясенными членами парламента проповедь на смерть этого «мастера своего дела, который трудился, чтобы восстановить наш разрушенный дом». Всю свою жизнь, сказал он, Пим посвятил общественному служению. Оно было для него «хлебом насущным, работой, возможностью проявить себя, отдыхом, удовольствием, целью – всем. Вся его суть – это содействие общественному благу. Ради него он жил, и ради него он умер».