Поскольку было нежелательно обрекать слишком много людей на нищету, из десятины выделялись средства для жен и детей лишенных места священников, но одинокому человеку ждать было нечего, и даже жалкие крохи, выделяемые другим, получить было трудно. Жене декана Бристоля пришлось торговать на улице пучками розмарина. В Норфолке некий человек обнаружил своего приятеля, ученого богослова, который, чтобы не умереть с голоду, питался сырыми овсяными клецками, поскольку у него не было угля, чтобы вскипятить воду или согреть руки.
Школьные учителя и ученые, которые не приняли Ковенант, подвергались таким же наказаниям. В колледжах Кембриджа еще в начале войны проводились безжалостные чистки. Директор известного роялистского учреждения, школы Чартерхаус в Лондоне, был снят со своего поста. Но даже парламентские власти побаивались грозного доктора Басби из Вестминстерской школы, который продолжал управлять светским и религиозным воспитанием их сыновей, не обращая внимания на негодяев и мятежников, засевших во власти в трех минутах ходьбы от его кафедры. Но Ричард Басби был удивительным исключением. Другие ученые и священники, не выполнявшие приказы парламента, отправлялись в заключение в Эли-Хаус или Ламбетский дворец, где, несмотря на тесные помещения, некоторые из них умудрялись давать уроки мальчикам, которых присылали туда их родители-роялисты.
Преследования привели церковь в состояние неустройства и запустения, обрекая на страдания наряду с немногими виновными многих невиновных. Шок и тяготы жизни, вызванные лишением места, часто приближали смерть священнослужителей старшего возраста. В то время как пуританские памфлетисты преувеличивали преступления выдворенных, роялистские авторы перечисляли их незаслуженные страдания. Так, одному «не давали покоя и заставляли молчать, пока он не умер», другого «замучили до смерти», третьи «подверглись нападению в церкви» или были «оскорблены и побиты до смерти».
Проще было разрушить церковь, чем реформировать ее. Участники Вестминстерской ассамблеи вели бесконечные споры; парламент принял их «Справочник богослужений», но более значимое «Руководство по наставлению, отлучению от церкви и отпущению грехов» по-прежнему находилось в процессе обсуждения. Этот инструмент, сильно напоминавший то, что существовало в Шотландии, превратил бы Англию в теократическое государство с почти неограниченными полномочиями церкви в отношении наказаний, дисциплины и в конечном счете шантажа. В Шотландии такая система устраивала партию власти, которая умудрилась, благодаря политическому влиянию и искреннему религиозному рвению Аргайла, доминировать в сфере религиозного служения. Она не годилась для Англии, где ни один представитель знати, не говоря уже о простолюдинах, не объединял в себе атрибуты светской власти и духовный пыл, дававшие Аргайлу его уникальный авторитет.
Естественно, индепенденты, которые хотели установить свободные отношения между пастырем и его паствой, выступали против этой жесткой теократии, основанной на искусственных рамках церковного прихода. Их возражения поддерживала большая часть членов парламента, ставивших во главу угла закон. Исторически для правовой мысли Англии прописной истиной считалось, что гражданская власть в конечном счете должна стоять выше духовной. Из-за этого Генрих II боролся с Бекетом, а Генрих VIII отрекся от папы. Для многих из тех, кого не слишком волновали мелкие формальности, главным преступлением короля Карла было то, что он дал церкви слишком большую власть. Что они выиграли бы от упразднения Высокой комиссии и отказа от всех церковных прерогатив, если бы все это тут же учредили в другой форме? Большинство образованных англичан возражали не против того, что епископы осуществляли судебную власть, а против того, чтобы церковь в любой форме обладала слишком большой властью.
В Англии шотландцы внезапно столкнулись с различием не в религии, а в мировоззрении. В их стране религия веками была средством обуздания, контроля и подчинения закону свирепого, горячего и разделенного на большое число враждующих кланов народа. В Англии цивилизующее влияние гражданского права было отделено от влияния церкви, но столь же сильно. Англичане видели в гражданской магистратуре эффективный инструмент поддержания порядка и управления и не приветствовали вмешательство духовной власти. В самой Вестминстерской ассамблее и еще больше в палате общин шотландцы столкнулись с неприятием новой дисциплины и желанием ее изменить, и, даже если бы она была принята по всей Англии, те, кто был отлучен от церкви, сохранили бы право обратиться к парламенту. Более того, парламент, как последняя инстанция, должен был контролировать выбор и рукоположение священников и выборы старейшин.