Несмотря на то что духовенство занимало в Ассамблее видное место и по меньшей мере в течение шести месяцев тесно сотрудничало с ирландскими и англо-ирландскими лордами и дворянами, конституция Патрика Дарси отражала скорее политические и законодательные, чем религиозные устремления ирландцев. Она устанавливала юридическую и политическую независимость Ирландии, которая была в равной степени желанна и для старых ирландцев, и для англо-ирландцев, и для духовенства, и для мирян. Вскоре выяснилось, что если англо-ирландцам было достаточно независимости, то желания старых ирландцев и духовенства этим не ограничивались. Но осенью разногласия между двумя фракциями на время затихли, и казалось, эта возрождающаяся Ирландия с разумной конституцией, растущей армией и умным руководством может стать автономной нацией.
Восстание было направлено против английского парламента, а не против короля, которого ирландцы продолжали признавать. На государственном флаге Конфедерации поместили ирландскую арфу, увенчанную короной и буквами С. R. На официальной печати значилась надпись: «Hiberni unanimes pro Deo, Rege et Patria. Ирландцы едины во имя Бога, короля и Родины». Новое правительство сразу приступило к выполнению планов по организации налогообложения, армии, печати и распространению своих официальных документов. Оно назначило послов в Париж, Мадрид и Ватикан, откуда ожидало помощи деньгами и оружием для продолжения войны. Со всем смирением и признанием своих обязанностей было написано письмо королю в Оксфорд. В нем ирландцы называли главной причиной восстания плохое управление лорда-судьи Парсонса и агрессивное поведение английских пуританских и шотландских поселенцев и просили короля принять их представителей и выслушать их жалобы.
Официально король по-прежнему не обращал внимания на этих неудобных союзников, хотя они заявляли о своей преданности ему не только в Килкенни. Об этом говорили ирландские монахи за рубежом, создавшие широкую дипломатическую сеть от лица свободной Ирландии в Италии, Франции и Испанских Нидерландах. Королева уже уговаривала Карла противодействовать шотландской угрозе, предоставив ирландцам религиозную свободу, и использовать их храбрые войска в войне, которую он вел у себя дома.
Пим и члены его партии, которые, как и ирландцы, были уверены, что симпатии короля на стороне конфедератов, приготовили ему ловушку. Они инспирировали обращение поселенцев-протестантов к королю и стали ждать его реакции, в которой наделись уловить какие-нибудь признаки его связи с мятежниками. Тем временем правительство в Дублине продолжало проводить свою извилистую линию. Роялисты и сторонники парламента в Совете шпионили друг за другом и были едины только в своем сожалении по поводу того, что пропасть между королем и парламентом лишила их всякой надежды получить помощь от какой-нибудь из сторон.
Отпор, с которым встретились силы короля при приближении к Лондону, показал всей стране силу парламента. Парламентарии следили за тем, чтобы в новостных листовках постоянно присутствовали упоминания об их успехах, и старательно оповещали друзей повсюду о своей несокрушимой мощи. Многие простые люди до самой северной границы с Шотландией верили, что победа парламента обеспечена.
Однако после нескольких провалов в последующие недели это впечатление начало исчезать. В Ланкашире парламентские гарнизоны и крестьяне-пуритане с трудом сдерживали растущий напор жестоких и неуправляемых солдат лорда Дерби. В Йоркшире граф Ньюкасл при умелой поддержке сурового сэра Мармадьюка Ленгдейла вдохнул в дело короля новую жизнь. В Тедкастере он застал врасплох и разгромил младшего Ферфакса, вынудив его отступить к Селби, в то время как роялисты вторглись в Западный Райдинг и перекрыли поставки еды и пожертвований, которые Ферфаксы рассчитывали получить от развитых текстильных городов, населенных пуританами. На помощь ему поднялись местные роялисты, и предполагаемое перемирие, которое вывело бы Йоркшир из войны, было отвергнуто обеими сторонами. Старший Ферфакс в смятении взывал к парламенту: «Враг силен и является хозяином положения. Его величество, паписты и другие зловредные полностью снабжают его деньгами и всем необходимым».
На западе Мидлендса парламентский командующий граф Стемфорд с войском, которое он собрал за свой собственный счет, был оттеснен от Херефорда и отступил в пуританский Глостер. Центры производства шерсти, за исключением Шрусбери, были преимущественно пуританскими. По этой причине сторонники короля поступили бы правильно, заблокировав поставки шерсти в центры дистрибуции и в Лондон. Отчасти имея это ввиду, отчасти чтобы освободить путь из Оксфорда на юго-запад, Дигби предложил Уилмоту напасть на Мальборо и задать жару «круглоголовым». Каждому из них хотелось совершить дерзкую атаку во имя короля и при этом не делиться славой с Рупертом.