Чернышев начал год с новых разоблачений атамана Денисова и его администрации. В письме к Аракчееву от 25 января 1820 года он писал, что никак не может получить простых справок о доходах и расходах Войска Донского ввиду беспомощности чиновников войсковой канцелярии и делопроизводственного бардака. «Эта бездна беспорядков, своеволия и безотчетности, для раскрытия и уничтожения своего на будущее время, требует особенного труда и терпения», — сообщал Чернышев царскому фавориту. Спустя неделю Чернышев вновь пишет Аракчееву о нерадивости Денисова: «Господин атаман весьма мало содействует нам… вдается час от часу в более тесные сношения с откупщиками и людьми неблагонамеренными». Вторил Чернышеву и чиновник Василий Болгарский, который писал Аракчееву о донских беспорядках в таких выражениях: «Здесь и по всему вообще внутреннему управлению, в чем я смею ваше сиятельство уверить, — такая запутанность и такие отступления от закона и порядка, что я не поверил бы тому, если бы не был самовидец, и притом все сие так мало уважается обязанными отвечать, что и самое скромное замечание им о том приемлется как личное оскорбление».
В начале февраля внимание Чернышева привлекли крестьяне мятежных слобод — Городищенской, Орловки и Несмеяновки. Здесь уже произошла локальная революция: крестьяне вышли из повиновения помещикам и не пускали к себе чиновников. Целью крестьян являлось полное освобождение от власти помещиков, и они были готовы добиваться его любой ценой. Восставших было около 3 тысяч — значительное число.
Чернышев решил взять решение крестьянского вопроса на Дону в свои руки, полагая, что ему, как доверенному человеку царя, крестьяне поверят. Он вызвал на переговоры крестьянских вожаков и попытался «вразумить о их заблуждении и внушить обязанность повиноваться власти помещиков».
В Новочеркасск прибыли 12 представителей восставших слобод, с которыми Чернышев говорил два дня кряду. В письме Аракчееву от 1 марта Чернышев сообщал о полном успехе переговоров: «Утвердив их в решимости покориться власти, отпустил обратно в домы с тем, чтобы все слышанное от меня передали своим обществам и явились бы ко мне с просьбами оных, о исходатайствовании им помилования». Однако Чернышев рано торжествовал победу. Уже 7 марта он был вынужден доложить в столицу, что крестьяне отказались просить помилования и восстановить власть землевладельцев: «Богу и государю повиноваться готовы, а помещикам нет», — заявили они фельдъегерю Чернышева, который был послан убедиться в успехе новочеркасских переговоров. Причиной повторного неповиновения Чернышев считал копию того самого письма атамана Денисова генералу Карпову, которое пересказывало содержание высочайшего императорского рескрипта. Среди крестьян копии с этого документа «переходят из рук в руки», писал Чернышев.
К середине марта восстание распространилось на другие крестьянские поселения по реке Сал и в Миусском сыскном начальстве. Признав фиаско затеянных им переговоров, Чернышев сообщал в Петербург, что «для пресечения дальнейшего соблазна прочих помещичьих крестьян строгие меры представляются совершенно неизбежными».
Денисов в рапорте Александру I от 11 марта 1820 года запоздало оправдывался и обещал найти «действительное средство» для прекращения противостояния крестьян и помещиков. Неловкие действия Денисова и только усиливающийся поток критики со стороны Чернышева не оставили и следа от доверия царя к атаману. Александр I смотрел на Дон глазами Чернышева, а значит, видел чванство запустившего дела атамана, который вступил в сговор с откупщиками и алчными казаками-магнатами, разоряющими все населения края. В письмах к начальнику Главного штаба Петру Волконскому и секретарю царской канцелярии Николаю Муравьеву Чернышев едва ли не прямо обвинял Денисова в организации крестьянского бунта: «…главной причиной распространяющегося здесь непослушания крестьян, есть одна и та же строгая и общая огласка циркуляров атамана и что крестьяне подстрекаются к тому чьими-либо тайными внушениями».