Денисов вчистую проиграл бюрократическую схватку с Чернышевым. 28 апреля 1820 года последовал высочайший рескрипт Александра I на имя донского атамана и царского генерал-адъютанта. Император с гневом распекал Денисова за потворство винным откупщикам и казачьей аристократии, за беспорядки в ведении дел, наконец, за бездействие в усмирении крестьян. Последнюю задачу император возложил на Чернышева. Но это было еще не все. Царь поддержал предложение Чернышева об изменении состава Комитета об устройстве Войска Донского. Вместо близких к атаману генералов Карпова и Черевкова, которых эмиссар царя считал людьми «пустыми и вредными», были назначены креатуры Чернышева — генералы Алексей Иловайский и Дмитрий Кутейников. Власть фактически выпала из рук атамана Денисова. Однако формально он продолжал оставаться во главе донского казачества еще около года. В письме к Александру I от 9 мая 1820 года у Денисова уже не было сил оправдываться, он только отчаянно просил прощения: «Не умею разуметь неразумия моего, обращаю к образу Вседержителя мое моление да избавит меня от всего того, что хотя малейше затмевает разумение мое исполнять в точности вашего величества волю и, вместе с тем, припадаю к освященным стопам вашим со слезами и сокрушенным сердцем умоляю, прости величайший из государей недостойного раба твоего от юности любящего тебя и твердо расположенного быть верным и усердным к славе и пользам твоим по гроб».
Чернышев с плохо скрываемым восторгом принял новые обязанности. И хотя численность восставших крестьян к середине мая 1820 года значительно увеличилась — бунтовало уже 22 поселения на реках Сал, Миус и в Ростовском уезде соседней Екатеринославской губернии, — императорский генерал-адъютант рассчитывал на быстрое и легкое подавление крестьянских выступлений силой оружия.
Как опытный боевой офицер, Чернышев решил разгромить восставших по частям. Первый удар был направлен на крестьянские слободы, расположенные на берегах реки Сал, — Городищенскую и Орловку. Местные крестьяне уже несколько раз давали отпор небольшим казачьим командам, а чиновников донской администрации с позором выпроваживали из своих деревень. Чернышев не стал искушать судьбу и собрал большой отряд из трех донских казачьих полков при четырех пушках конной артиллерии.
Крестьяне не смогли организовать сопротивление столь крупному отряду. 21 мая правительственные войска взяли Орловку, а уже на следующий день без боя овладели Городищенской. Как сообщал Чернышев в рапорте Александру I: «Внезапное и удачно расположенное появление отряда устрашило безумцев сих и упредило всякое дурное последствие». Но, несмотря на грозную военную силу и присутствие царского эмиссара, крестьяне отказались признать власть своих помещиков и вернуться к работе. Чернышев с чиновниками и священниками уговаривали крестьян добровольно подчиниться на протяжении пяти дней, но все безрезультатно. Уйти ни с чем Александр Иванович не мог, это было равнозначно провалу. И тогда, как писал Чернышев, «правосудие представилось неизбежным», так он обозначил начало репрессий. Временная комиссия из пяти человек под председательством императорского генерал-адъютанта быстро припечатывала обвинительные приговоры. Всего виновными были признаны 50 человек, которых били кнутами и розгами, а 28 крестьян-бунтарей отправили в Сибирь на каторгу и вечное поселение.
Этой показной жестокостью Чернышев надеялся устрашить крестьян, и его расчет оказался верен: «Страх наказания, совершенного над виновными в глазах всех собранных жителей, глубоко тронул заблудившихся и смягчил ожесточение их», — докладывал он императору. Акция удалась, сальские слободы после чернышевской расправы действительно присмирели. Запуганные крестьяне согласились на мировую с помещиками и вернулись к работе.
Но пока Чернышев наводил имперский закон и порядок на Сале, против помещиков восстала большая часть крестьянских поселений Миусского сыскного начальства, население которого более чем наполовину было крестьянским. Здесь центром восстания стала большая слобода Мартыновка (ныне село Куйбышево Ростовской области). Как писал Чернышев царю, «главное и дерзновеннейшее скопище ослушников, мечтающих о вольности, находится в слободе Мартыновке, куда стекаются жители прочих слобод в большом числе, быв возбуждаемы к своевольству чрез разосланных от нее поверенных…».