В конце 1824 года есаула Кательникова под конвоем доставили в Петербург. Здесь он содержался под арестом, но добиться от него признания вины не удалось. Согласно запискам адмирала Александра Шишкова, сменившего Голицына на посту министра народного просвещения, Кательников нисколько не испугался обвинительного синклита в составе Аракчеева, митрополита Серафима и архимандрита Фотия: «Вместо признания себя виновным, укорял их в незнании настоящей веры, презирал всякие угрозы, и, напротив, угрожая сам, говорил, что он рад погибнуть, ибо знает, что погибелью своей умножит ревность и число последователей». Аракчеев и митрополит Серафим предлагали оставить Кательникова в заточении до его смерти. Но архимандрит Фотий выступил против такого решения, которое могло привести к росту популярности узника совести, а следовательно, и дальнейшему распространению его учения. Фотий предпринял несколько бесед с есаулом, в которых показал пример любви к ближнему: если верить запискам Шишкова, архимандрит снимал вшей с грязной рубахи Кательникова и всякий раз, когда тот начинал браниться, обнимал казака со словами: «Вот ты сердишься, а я нет, ты на меня досадуешь, а мне тебя только жаль». Усилия Фотия возымели действие — Кательников смягчился, а затем признал свои убеждения ложными. Вот такие его слова Фотию сообщают записки Шишкова: «Я муж и отец. Предавшись пагубным внушениям и чтению злочестивых книг, я заразился ими, бросил жену и детей, не думал больше ни об них, ни о себе. Теперь возбудил ты во мне снова жалость к ним. Я отступил от веры, от добродетели, и достоин всякого наказания, но они бедные невинны и за меня страдают».
Хитроумный архимандрит Фотий торжествовал очередную победу. Раскаявшегося Кательникова отпустили обратно на Дон. Между тем учение духоносцев не исчезло и продолжало существовать без духовного лидера. Есаул, вероятно, тяжело переживал свое положение пророка-отступника. Сильным моральным ударом для Кательникова стало публичное объявление его отречения от прежних духовных идеалов, которое сделал атаман Алексей Иловайский 26 февраля 1825 года.
Донские власти продолжали преследовать духоносцев, вскоре арестовали дочь Кательникова Марью Кустову, которая была замужем за урядником Павлом Кустовым. В этих отчаянных обстоятельствах есаул вернулся к прежним религиозно-философским идеям, о чем заявил в письме атаману Иловайскому. Кательников угрожал начальству, что в случае, если не вернут свободу его дочери, он поднимет большое народное восстание: «Дело загорится в двадцати пяти городах, и не потушите». Кроме того, есаул возвратился к духовно-публицистической деятельности и, по словам Шишкова, «сочинил еще злейшую прежней книгу, в которой насмешливым и ругательным образом описывал простоту тех, кои поверили притворному его обращению в православную веру и отречению от своей».
Повторный арест Кательникова не заставил себя ждать, имперская власть всегда сильно беспокоилась, когда речь заходила о новой пугачевщине или хотя бы ее призраке. Осенью 1825 года Евлампия Кательникова доставили в Шлиссельбург, а спустя год отправили в Соловецкий монастырь. Здесь сломленный Кательников, лишенный есаульского чина и исключенный из списков Войска Донского, вновь раскаялся в своих убеждениях. Но это уже никак не сказалось на его жизни, которая завершилась 3 марта 1854 года. Донские духоносцы под давлением властей заявили об ошибочности учения Кательникова и полностью порвали с ним.
Историк Александр Пыпин с оттенком пренебрежения назвал донских духоносцев «деревенской интеллигенцией», полагая, что движение Кательникова являлось порождением своего времени, а значит, мистических увлечений императора Александра I и противоречивой просветительской деятельности Российского Библейского общества. Но не только это стало причиной появления донских духоносцев. Едва ли не большее значение имел отталкивающий образ православного духовенства, нравы которого были неприемлемы для глубоко религиозных людей, какими были Кательников и его сподвижники. Выдвинутые Кательниковым обвинения против священников станицы Верхне-Курмоярской, как показало следствие, были не напрасны: они признались в обирании прихожан и самовольных разъездах «по ярмонкам». Разрушение старой церкви являлось, по мысли Кательникова, единственным способом обрести свободу от подобных пастырей.
Оставленные
После религиозной войны 1688–1689 годов донские старообрядцы жили под присмотром властей, причем как духовных, так и светских. Опыт воронежского епископа Митрофана научил донское православное духовенство сотрудничать с государством. Постепенно различия между властью Войска Донского и российского правительства стирались, и со второй половины XIX столетия наказные атаманы стали надежными исполнителями царской воли и распоряжений военного министра.