Чтобы противостоять недовольным кардиналам, он опубликовал призыв к созыву генерального совета, который должен был собраться в Латеранском дворце 19 апреля 1512 года. Днем и ночью он трудился над созданием грозного союза против Франции. Он уже приближался к успеху, когда его настигла тяжелая болезнь (17 августа 1511 года). Три дня он был близок к смерти; 21 августа он оставался без сознания так долго, что кардиналы готовились к конклаву, чтобы выбрать его преемника; в то же время Помпео Колонна, епископ Риети, обратился к римскому народу с призывом восстать против папского правления в своем городе и восстановить республику Риенцо. Но 22-го числа Юлий пришел в сознание; вопреки мнению врачей, он выпил значительную порцию вина; он удивил всех и разочаровал многих, выздоровев; республиканское движение угасло. 5 октября он объявил о создании Священной лиги, состоящей из папства, Венеции и Испании; 17 ноября Генрих VIII присоединился к ней от имени Англии. Укрепившись, он лишил сана кардиналов, подписавших вызов в Пизу, и запретил созывать такой совет. По приказу французского короля флорентийский синьор дал разрешение запрещенному совету собраться в Пизе; Юлий объявил войну Флоренции и замышлял восстановить Медичи. Группа из двадцати семи церковников, с представителями короля Франции и некоторых французских университетов, собралась в Пизе (5 ноября 1511 года); но жители были настолько угрожающими, а Флоренция настолько неохотной, что совет удалился в Милан (12 ноября). Там, под защитой французского гарнизона, раскольники могли спокойно переносить насмешки народа.
Выиграв эту битву с епископами, Юлий вновь обратился к войне. Он приобрел союз со швейцарцами, которые отправили армию, чтобы напасть на французов в Милане; нападение не удалось, и швейцарцы вернулись в свои кантоны. В Пасхальное воскресенье, 11 апреля 1512 года, французы под командованием Гастона де Фуа, которым решительно помогла артиллерия Альфонсо, разгромили объединенную армию Лиги под Равенной; практически вся Романья перешла под контроль французов. Кардиналы Юлия умоляли его заключить мир, но он отказался. Совет в Милане отпраздновал победу, провозгласив папу низложенным; Юлий рассмеялся. 2 мая его перенесли в латыни в Латеранский дворец, где он открыл Пятый Латеранский собор. Вскоре он оставил его на произвол судьбы, а сам поспешил вернуться к сражению.
17 мая он объявил, что Германия присоединилась к Священной лиге против Франции. Швейцарцы, выкупленные, вошли в Италию через Тироль и двинулись навстречу французской армии, дезорганизованной победой и смертью своего лидера. Оказавшись в меньшинстве, французы оставили Равенну, Болонью и даже Милан, а кардиналы-раскольники отступили во Францию. Бентивольцы снова бежали, и Юлий стал хозяином Болоньи и Романьи. Воспользовавшись случаем, он захватил также Парму и Пьяченцу; теперь он мог надеяться завоевать Феррару, которая больше не могла рассчитывать на помощь Франции. Альфонсо предложил приехать в Рим и попросить отпущения грехов и условий мира, если папа даст ему безопасную конвоировку. Юлий так и сделал, Альфонсо приехал и был милостиво отпущен, но когда он отказался обменять Феррару на маленький Асти, Юлий объявил его конспирацию недействительной и пригрозил ему заключением и арестом. Фабрицио Колонна, передавший герцогу конспиративную грамоту, почувствовал, что затронута его собственная честь; он помог Альфонсо бежать из Рима; после тяжелых приключений Альфонсо вернулся в Феррару и там возобновил вооружение своих крепостей и стен.
И вот, наконец, демоническая энергия Папы-воина иссякла. В конце января 1513 года он слег в постель с осложнением болезни. Беспощадные сплетники говорили, что его беда — последствие «французской болезни», другие — что она произошла от неумеренной еды и питья.14 Когда никакое лечение не помогло снять лихорадку, он примирился со смертью, отдал распоряжения о своих похоронах, призвал Латеранский собор продолжать свою работу без перерыва, признал себя великим грешником, попрощался со своими кардиналами и умер с тем же мужеством, с которым жил (20 февраля 1513 года). Весь Рим оплакивал его, и небывалая толпа собралась, чтобы проститься с ним и поцеловать ноги трупа.