Придя к власти, он обнаружил, что государства Церкви в смятении, а половина работы Александра и Цезаря Борджиа не выполнена. Венеция захватила Фаэнцу, Равенну и Римини (1503); Джованни Сфорца вернулся в Пезаро; Бальони снова стали суверенными в Перудже, а Бентивольи — в Болонье; потеря доходов от этих городов угрожала платежеспособности курии. Юлий согласился с Александром в том, что духовная независимость Церкви требует, чтобы она продолжала владеть папскими государствами; и он начал с ошибки Александра, обратившись за помощью к Франции, а также к Германии и Испании против своих итальянских врагов. Франция согласилась прислать восемь тысяч человек в обмен на три красные шапки; Неаполь, Мантуя, Урбино, Феррара и Флоренция обязались предоставить небольшие отряды. В августе 1506 года Юлий покинул Рим во главе своих скромных сил — четырехсот кавалеристов, швейцарских гвардейцев и четырех кардиналов. Гвидобальдо, восстановленный герцог Урбино, командовал папскими войсками, но папа ехал во главе их лично — зрелище, которого не видели в Италии уже много веков. Джанпаоло Бальони, поняв, что ему не одолеть такую коалицию, приехал в Орвието, сдался Папе и попросил прощения. «Я прощаю твои смертные грехи, — прорычал Юлий, — но если ты совершишь первый венозный грех, я заставлю тебя заплатить за все».7 Доверяя своему религиозному авторитету, Юлий вошел в Перуджу с небольшой охраной и прежде, чем его солдаты смогли добраться до ворот; Бальони мог бы приказать своим людям арестовать его и закрыть ворота, но не посмел. Присутствовавший при этом Макиавелли удивлялся, что Бальони упустил шанс «совершить поступок, который оставил бы вечную память». Он мог бы первым показать священникам, как мало ценится человек, который живет и правит так же, как они. Он совершил бы поступок, величие которого перевесило бы всю его позорность и все опасности, которые могли бы последовать за ним».8 Макиавелли, как и большинство итальянцев, возражал против временной власти папства и против пап, которые были также королями. Но Бальони ценил свою шею, а возможно, и душу, больше, чем посмертную славу.
Юлий провел мало времени в Перудже; его настоящей целью была Болонья. Он провел свою маленькую армию по неровным дорогам Апеннин до Чезены, а затем повернул на Болонью с востока, в то время как французы атаковали ее с запада. Юлий усилил атаку, издав буллу об отлучении от церкви Бентивольи и их приверженцев и предложив полную индульгенцию любому, кто убьет кого-либо из них; это была новая марка войны. Джованни Бентивольо бежал, а Юлий вошел в город, влекомый на плечах людей, и был встречен народом как освободитель от тирании (11 ноября 1506 года). Он приказал Микеланджело сделать его колоссальную статую для портала Сан-Петронио, а затем вернулся в Рим. Там он проехал по улицам в триумфальной машине, и его приветствовали как победившего Цезаря.
Но Венеция все еще удерживала Фаэнцу, Равенну, Римини и не смогла правильно оценить воинственный дух Папы. Рискнув Италией, чтобы получить Романьи, Юлий пригласил Францию, Германию и Испанию помочь ему покорить королеву Адриатики. Позже мы увидим, как энергично они ответили на это в Камбрейской лиге (1508), стремясь не помочь Юлию, а расчленить Италию; присоединившись к ним, Юлий позволил своей оправданной обиде на Венецию победить любовь к Италии. Пока его союзники нападали на Венецию с армиями, Юлий направил против нее одну из самых откровенных булл отлучения и интердикта в истории. Он победил; Венеция вернула Церкви украденные города и приняла самые унизительные условия; ее посланники получили отпущение грехов и снятие интердикта в ходе долгой церемонии, в ходе которой им пришлось испытать свои колени (1510). Сожалея о своем приглашении французам, Юлий теперь изменил свою политику, изгнав их из Италии, и убедил себя в том, что Бог соответствующим образом изменяет божественную политику. Когда французский посол сообщил ему о победе французов над венецианцами и добавил: «На то была воля Бога», Юлий гневно ответил: «На то был воля дьявола!»9