Цезарь Борджиа, медленно оправляющийся от той же болезни, что убила Папу, оказался втянут в дюжину непредвиденных опасностей. Кто бы мог предвидеть, что он и его отец окажутся недееспособными в одно и то же время? Пока врачи пускали ему кровь, Колонна и Орсини быстро вернули себе отнятые у них замки; свергнутые владыки Романьи при поддержке Венеции начали возвращать себе свои княжества; а римская толпа, уже вышедшая из-под контроля, могла в любой момент, теперь, когда Александр был мертв, разграбить Ватикан и захватить средства, от которых Цезарь зависел для выплаты жалованья своим войскам. Он послал в Ватикан несколько вооруженных людей; они заставили кардинала Казануову на остриях мечей отдать казну; так Цезарь повторил Цезаря через пятнадцать веков. Они вернули ему 100 000 дукатов золотом и 300 000 дукатов пластин и драгоценностей. В то же время он отправил галеры и войска, чтобы помешать своему сильнейшему врагу, кардиналу Джулиано делла Ровере, добраться до Рима. Он чувствовал, что если ему не удастся убедить конклав избрать папу, благоприятного для него, то он проиграл.
Кардиналы настаивали на том, чтобы войска Цезаря, Орсини и Колонны покинули Рим до того, как будут проведены выборы, не вызывающие опасений. Все три группировки уступили. Цезарь отступил со своими людьми в Чивита-Кастеллана, а кардинал Джулиано вошел в Рим и возглавил в конклаве силы, враждебные всем Борджиа. 22 сентября 1503 года соперничающие фракции Коллегии выбрали кардинала Франческо Пикколомини в качестве компромиссного папы. Он принял имя Пий III, в честь своего дяди Энея Сильвия. Он был человеком образованным и честным, а также отцом большого семейства.119 Ему было шестьдесят четыре года, и он страдал от нарыва на ноге. Он был дружелюбен к Цезарю и позволил ему вернуться в Рим. Но 18 октября Пий III умер.
Цезарь понял, что больше не сможет препятствовать избранию кардинала делла Ровере, который, несомненно, был самым способным человеком в Коллегии. В частной беседе с Джулиано Цезарь добился очевидного примирения: он обещал Джулиано поддержку испанских кардиналов (которые были преданы Цезарю), а Джулиано обещал в случае избрания утвердить его в должности герцога Романьи и командующего папскими войсками. Некоторых других кардиналов Джулиано купил простым подкупом.120 Джулиано делла Ровере был избран папой (31 октября 1503 года) и принял имя Юлий II, как бы говоря, что он тоже будет цезарем, а лучше Александром. Его коронация была отложена до 26 ноября, поскольку астрологи предсказали на этот день благоприятное сочетание звезд.
Венеция не стала ждать счастливой звезды: она захватила Римини, осадила Фаэнцу и подавала все признаки того, что захватит как можно большую часть Романьи, прежде чем церковь сможет организовать свои силы. Юлий велел Цезарю отправиться в Имолу и набрать новую армию для защиты папских земель. Цезарь согласился и отправился в Остию, чтобы оттуда отплыть в Пизу. В Остии он получил послание от папы, в котором тот требовал сдать контроль над крепостями Романьи. Совершив решающую ошибку, свидетельствующую о том, что болезнь лишила его рассудка, Цезарь отказался, хотя должно было быть очевидно, что теперь он имеет дело с человеком, чья воля была по меньшей мере столь же сильна, как и его собственная. Юлий приказал ему вернуться в Рим; Цезарь повиновался и был заключен под домашний арест. Там Гвидобальдо, который теперь не только был восстановлен в Урбино, но и являлся новоназначенным командующим папскими войсками, пришел посмотреть на поверженного Борджиа. Цезарь смирился перед человеком, которого он сверг и обесчестил, передал ему дозоры крепостей, вернул ему драгоценные книги и гобелены, оставшиеся после разграбления Урбино, и попросил его о заступничестве перед Юлием. Чезена и Форли отказались выполнять дозорные слова, пока Цезарь не будет освобожден; Юлий отказался отпустить его, пока Цезарь не убедит замки Романьи подчиниться папе. Лукреция умоляла мужа помочь ее брату; Альфонсо (все еще единственный наследник, а не обладатель герцогского трона) ничего не предпринял. Она обратилась к Изабелле д'Эсте; Изабелла ничего не сделала; вероятно, и она, и Альфонсо знали, что Юлий непоколебим. Наконец Цезарь дал слово сдаться своим верным сторонникам в Романье; папа освободил его, и он бежал в Неаполь (19 апреля 1504 года).