Эти осуждения основывались на двух предположениях: что истории, рассказанные об Александре в Риме, были правдой, и что Александр был неоправдан в методах, которые он использовал для отвоевания папских государств. Католические историки, защищая право Александра на восстановление временной власти папства, в целом присоединяются к осуждению методов и морали Александра. Говорит честный пастор:
Его повсеместно называли чудовищем и приписывали ему всевозможные преступления. Современные критические исследования во многих вопросах оценили его более справедливо и отвергли некоторые из худших обвинений, выдвинутых против него. Но хотя мы должны остерегаться принимать без проверки все истории, рассказанные об Александре его современниками… и хотя горькое остроумие римлян находило свои любимые упражнения в том, чтобы без жалости разрывать его на куски и приписывать ему в популярных пасквинадах и ученых эпиграммах жизнь невероятной мерзости, все же так много против него было ясно доказано, что мы вынуждены отвергнуть современные попытки обелить его как недостойную фальсификацию истины….. С католической точки зрения невозможно слишком строго обвинять Александра.115
Протестантские историки иногда проявляли великодушную снисходительность к Александру. Уильям Роско в своей классической книге «Жизнь и понтификат Льва X» (1827) был одним из первых, кто сказал доброе слово в адрес Папы Борджиа:
Каковы бы ни были его преступления, нет никаких сомнений в том, что они сильно преувеличены. То, что он был предан идее возвеличивания своей семьи и использовал авторитет своего возвышенного положения для установления постоянного господства в Италии в лице своего сына, не подлежит сомнению; но когда почти все государи Европы пытались удовлетворить свои амбиции столь же преступными средствами, кажется несправедливым клеймить характер Александра какой-то особой и исключительной долей позора в этом отношении. В то время как Людовик Французский и Фердинанд Испанский сговорились захватить и разделить Неаполитанское королевство, пример вероломства, который никогда не может быть достаточно порицаем, Александр, несомненно, мог бы считать себя оправданным в подавлении буйных баронов, которые в течение веков раздирали владения Церкви междоусобными войнами, и в подчинении мелких государей Романьи, над которыми он имел признанное главенство, и которые в целом приобрели свои владения средствами столь же неоправданными, как те, которые он принял против них. Что касается столь распространенного обвинения в преступной связи между ним и его собственной дочерью… было бы нетрудно доказать его неправдоподобность. Во-вторых, пороки Александра сопровождались, хотя и не компенсировались, многими замечательными качествами, которые при рассмотрении его характера не должны быть обойдены молчанием….. Даже самые суровые противники признают, что он был человеком возвышенного гения, прекрасной памяти, красноречивым, бдительным и ловким в управлении всеми своими делами.116
Епископ Крейтон подвел итог характеру и достижениям Александра в общем согласии с суждением Роско и гораздо более милосердно, чем Пастор.117 Позднее более благоприятное суждение высказал протестантский ученый Ричард Гарнетт в книге «Кембриджская современная история»: