В результате переписи всех оставшихся в живых зубров было выявлено, что все они происходят от двенадцати особей, которых можно назвать основателями современного стада этих животных. Выражаясь языком генетики, вид сегодня представляет собой рекомбинацию двенадцати диплоидных наборов генов. И этот генофонд претерпевает существенные изменения как в сторону его расширения за счет мутаций, так и сужения из-за неправильного ведения племенного дела в ряде резерватов. Следовательно, зубр прошел сквозь «бутылочное горлышко», так образно представляют себе биологический процесс снижения генетического разнообразия вида. Так как все зубры-основатели находились в частных зоопарках и зоосадах, то, естественно, в каждом создавалась своя обособленная группа животных, формирующая некоторые особенности внешнего облика, отличающие ее от других таких же групп. Образовывались племенные линии наподобие тех, которые появлялись при селекционной работе с домашними животными. Так, некоторые особи из стада князя Плесе (Плавия, Планет, Плюто), из Берлинского (Беллона) и Стокгольмского (Бибер, Бирке) зоопарков дали обособленную, хотя и малочисленную группу животных, которую назвали зоосадовской.
От прежней плесской линии, ведущей свое начало от зверей охотничьего парка князя Плесе к началу 20-х годов нашего столетия сохранились лишь две особи: Плебейер (бык) и Планта (корова), от которых происходит большая группа зубров, разводившихся в питомнике Пшина, это пшинская племенная линия. Остальные зубры-основатели — а это были рано увезенные из имения Плесе Плутарх, Плацида и Плаге, взятые из Беловежской Пущи в 1903–1913 годах Бильма, Биберштейн, Билдунг, Гарде, Гатчина, а также единственный кавказский бык по кличке Кавказ — в результате скрещивания дали особую линию, названную кавказско-беловежской.
Как же соотносятся эти племенные линии с подвидовой систематикой зубра как зоологического вида?
Из всего разнообразия форм в современной фауне сохранился лишь беловежский подвид зубра. Трансильванско-карпатский горный подвид, если он и существовал, исчез безвозвратно. Кавказского зубра в оригинальном виде сегодня тоже нет. Однако крохотная часть его генофонда все же сохранилась в форме межподвидового гибрида — кавказско-беловежского зубра.
Современный беловежский зубр в целом сохранил те же особенности внешнего облика, которые были присущи предку. Среди животных имеются как крупные, длиннотелые, темноокрашенные особи, так и мелкие, короткотелые, светлоокрашенные. Между ними отмечены всевозможные комбинации и переходы. К данной форме относят зоосадовскую и пшинскую племенные линии. Но, если представители зоосадовской линии близки по внешним признакам к предкам, то пшинские зубры настолько своеобразны, что нуждаются в описании. Это достаточно однородная группа особей, характеризующаяся соловым цветом шерсти, коротким телом и мелкими размерами. Эти и другие признаки появились у них в результате инбредной депрессии.
Что же такое инбредная депрессия у зубров? Так как зубров осталось очень мало, то приходилось спаривать их между собой. Такое разведение сопряжено с целым рядом отрицательных последствий. У зубров, в частности, это вырождение, понижение жизнеспособности, измельчание, деформация краниологических признаков, повышенная смертность молодняка и т. п.
Кавказско-беловежских зубров как формы в природе не существовало до начала XX столетия. Эти животные являются потомками единственного представителя истребленного кавказского подвида по кличке Кавказ, который попал в центр по разведению, но из-за отсутствия там кавказских зубриц спаривался с беловежскими самками. Совсем маленьким теленком Кавказ был отловлен на территории Кубанской Великокняжеской охоты в мае 1907 года. В трехмесячном возрасте его доставили в Беловежскую Пущу, а на следующий год он в качестве подарка от русского императора Николая II был переведен в Гамбург в зверинец Гагенбека. Там Кавказ жил до 1920 года, оставив потомство, состоящее из трех бычков и двух телочек. В тринадцатилетнем возрасте его передали в зоопарк Франкфурта-на-Майне, где от него родилось еще две самочки; 26 февраля 1926 года Кавказ пал, а вместе с ним исчез кавказский подвид.
В первые годы своей деятельности Международное общество сохранения зубра ставило задачу изолировать потомков Кавказа от беловежских животных и путем планомерного разведения этой племенной линии попытаться обособить часть генофонда кавказского подвида. Тем самым зуброводы хотели получить зверей, у которых преобладали бы признаки исчезнувшего подвида. К сожалению, эта надежда не оправдалась, так как слишком большим был вклад генов беловежских зубров в искусственно созданную кавказско-беловежскую форму. Звери рождались крупнее и массивнее беловежских и тем более кавказских зубров. Они имели темную шерсть и холку с рыжим окрасом, а от кавказского предка унаследовали курчавость волоса на передней части тела. Однако у большинства современных кавказско-беловежских зубров данная особенность проявляется слабее.