О высокой медицинской образованности Енохина говорят записи его выступлений на заседаниях Петербургского общества русских врачей, бессменным президентом которого он был в течение 12 лет. В работу этого Общества Енохин вносил наибольшую часть своей опытности и многосторонних знаний, и не было предмета, который казался бы ему совсем и вполне неизвестным. Он высказывался как по поводу отдельных заболеваний, так и в связи с общим развитием медицинской науки и практики. Например, не только своевременно оценил значение начавшейся в Европе в середине XIX века замены универсализма («рутинного энциклопедизма») в медицине специализацией медицинских знаний, но и пришёл к заключению о том, что с задержкою этого перехода в России связаны отставание отечественной медицинской науки и её недостаточная самостоятельность. И.В. Енохин также положительно оценивал переход от эмпирической, изнуряющей системы лечения (т.н. бруссеизма), заключающейся в многочисленных кровопусканиях и приёме слабительных, к рациональной, щадящей терапии с её основными направлениями — аллопатией и гомеопатией. Этим, по всей вероятности, объясняются его взвешенные суждения по поводу гомеопатии, применение которой решением Медицинского совета было запрещено в госпиталях и больницах Российской империи. Он говорил, что «гомеопатия может оказаться полезной для людей богатых, не знающих пределов разного рода неумеренностей, пресыщенных материально. Кто всякий день кушает и пьёт дальше своего аппетита, кто от праздности тучнеет до неподвижности, кто измучился, гоняясь ежедневно за новыми удовольствиями, тому гомеопатия пропишет умеренность и строгую диету, а чтобы замаскировать нужную строгость — назначит невообразимые крупинки, и дело пойдёт на лад. Но, очевидно, у солдата, изнурённого походами, лишениями всякого рода, тревогами и опасностями, наконец, действительными болезнями, гомеопатии делать нечего, и тут „дух лекарства“ выдыхается гораздо прежде, чем дойдёт от склянки до рта больного».
Переход к рациональной системе лечения потребовал применения особых подходов к оценке результатов использования лечебных методов. Принимая во внимание чрезвычайную сложность оценочных методик, И.В. Енохин призывал к осторожности с выводами из этих опытов, подчёркивая, что «нужно много проницательности, раздумья и труда, чтобы отыскать правдоподобное объяснение наблюдаемому факту. Заслуга врачей, — указывал он, — состоит именно в том, что они внимательно наблюдают и умеют применяться к настоящему, которое никогда ни в чём не сходно с прошедшим».
Конечно, суждения и умозаключения И.В. Енохина о существе болезней и методах лечения не выходили за рамки представлений того времени. Кроме того, его высказывания были не всегда объективны. Так, посетив в октябре 1855 г. вместе с Александром II Крым, где они осматривали среди прочего госпитали в Симферополе, И.В. Енохин сообщил на заседании Общества 16 ноября 1855 г. «весьма любопытные и утешительные сведения о состоянии врачебной части в обозревавшихся им госпиталях действующей армии в Крыму». Трудно сказать, что уж там показывали царю и его свите поднаторевшие в деле показухи чиновники от медицины, но свидетельства очевидцев говорят о совершенно противоположном. Например, активный участник Крымской войны, профессор университета Св. Владимира в Киеве Х. Гюббенет писал в своём «Очерке медицинской и госпитальной части русских войск в Крыму в 1854–1856 гг.» (СПб., 1870): «В Симферополе, центре сбора всех больных Крымской армии, отразилось рельефнее, чем в других местах, всё зло, какое влечёт за собой неприготовленная война, неусовершенствованная администрация и плохой уход за больными. Назначенная по Высочайшему повелению следственная комиссия открыла в Симферопольском госпитале целый ряд недостатков, опущений и злоупотреблений. Что сказано о Симферополе, то можно принять ко всем госпиталям вообще».
И.В. Енохин был не только многознающим медиком, но и удачливым врачом, то есть, перефразируя лермонтовского Печорина, он не в пример доктору Вернеру «умел воспользоваться своим знанием».
Его пациентами были не только оба императора (в феврале 1855 г. И.В. Енохин вместе с лейб-медиками М.М. Мандтом и Ф.Я. Кареллем подписывал «зловещие» бюллетени о смертельной болезни Николая I), но и лица из ближайшего окружения царя. Медицинскими советами И.В. Енохина также пользовались видные деятели культуры и науки. Так, в частности, он давал рекомендации по курортному лечению известному историку М.П. Погодину.