И.В. Енохин обладал громадным тактом и, в молодых летах попав ко двору, изучил прекрасно все условия, обычаи и извилины придворной жизни. При этом он никогда не злоупотреблял своей близостью к царственным пациентам и чуждался интриг, столь распространённых в придворном ведомстве. До конца жизни он оставался большим дипломатом, преданным и верным слугою своих пациентов-благодетелей — Николая I и Александра II, ведших его от отличия к отличию, от одной ступени повышения к другой. К тому же он, судя по всему, «умел хранить самые сокровенные тайны руководства страны и его окружения — состояние их здоровья, прогнозы на будущее, которые при определённых условиях могут стать оружием в борьбе за власть». Благодаря этому И.В. Енохин почти безотлучно находился при особах двух императоров на протяжении 36 лет — случай беспрецедентный в истории отечественной медицины!
Наряду с обязанностями придворного врача он выполнял отдельные важные поручения. Например, в январе–ноябре 1841 г. принимал участие в работе комиссии по исследованию быта рабочих людей и ремесленников. К сожалению, о результатах работы этой комиссии и участии в ней Енохина сведений нет.
О доверии, оказываемом И.В. Енохину со стороны императора, свидетельствует и факт, указанный в примечании от редакции киевского журнала «Агапит» (№ 3, 1996) к моей статье о докторе Енохине: «На открытие Анатомического театра Киевского университета Св. Владимира (1853), в котором сейчас размещается Центральный музей медицины Украины, ожидался приезд императора Николая I, однако он не мог присутствовать на этом торжестве и командировал своего лейб-медика Енохина».
В 1845 г. И.В. Енохин был назначен непременным членом Военно-медицинского учёного комитета при Медико-хирургической академии, а в 1849 г. получил должность главного доктора военно-учебных заведений. Вероятно, эта синекура понадобилась для присвоения ему очередного чина. Однако она дала Енохину возможность сделать некоторые ценные выводы о причинах неблагоприятного исхода эпидемии кори у воспитанников Александровского корпуса в Царском Селе, которые заключались в кахектическом сложении многих детей — большей частью сирот и детей весьма бедных родителей, — приобретённом ими до поступления в корпус, а также о влиянии петербургского климата и гигиенических условий на здоровье молодых кавказских уроженцев — детей дворян из разных горских и армянских провинций, многие из которых сравнительно с русскими уроженцами получали золотушные болезни (туберкулёз). Безуспешность лечения их на месте привела к необходимости отправки их на родину, и польза от этой меры, как указывает Енохин, «оказалась поразительной».
В апреле 1855 г. И.В. Енохин был пожалован в лейб-медики с производством в тайные советники. 10 февраля 1857 г. (в возрасте 66 лет!) он был назначен директором Военно-медицинского департамента. Александр II, начав коренную перестройку главных основ государственной жизни России, избрал для осуществления её в военно-медицинском ведомстве именно Енохина, в котором высоко ценил неподкупную честность и способность проводить в жизнь новые веяния.
Непродолжительное, в течение пяти с половиной лет, пребывание И.В. Енохина во главе медицинского департамента, где до этого надо всем преобладала рутина, освежающим образом повлияло на развитие военно-врачебного дела в России и на служебный быт военных врачей.
Будучи сторонником просвещения как лекарства от всех социальных недугов, И.В. Енохин много способствовал повышению квалификации (по современной терминологии — последипломному образованию) военных врачей, причём связал с полученным образованием дальнейшее продвижение по службе взамен практиковавшегося ранее выдвижения только в зависимости от выслуги лет. В целях информационного обеспечения постепенного и непрерывного повышения уровня медицинского образования он принял меры к усилению госпитальных библиотек, обязав их снабжать военных врачей всеми необходимыми книгами, осуществил оснащение крупных госпиталей учебными пособиями для открывавшихся на их базе школ усовершенствования военных врачей (прототип современных окружных курсов усовершенствования офицерского состава медицинской службы — КУОСМС), расширил программу «Военно-медицинского журнала», переведя его из трёхмесячного в ежемесячное издание, получил разрешение на публикацию протоколов заседаний Общества русских врачей в Петербурге и т.п.
При И.В. Енохине получило широкое развитие прикомандирование военных врачей к клиникам Академии, а вскоре — и к клиникам университетов для усовершенствования в практической медицине. Ежегодно, таким образом, обучались 20 человек и ещё 8 посылались на два года за границу, что обходилось медицинскому департаменту в 12 тыс. рублей серебром.