Неудивительно, что Флекснер получил степень бакалавра в Университете Джонса Хопкинса. Сын немецких евреев-беженцев после репрессий 1848 года, он окончил колледж всего за два года благодаря мощному стимулу в виде хороших мозгов и пустых карманов. Получив образование, в 1886 году он вернулся в свой родной город Луисвилл в штате Кентукки, где преподавал в средней школе и позже, в 1890 году, открыл собственную частную академию. После пятнадцати лет успешной работы он закрыл ее, чтобы продолжить обучение в области психологии и философии в Гарварде. Следующий год он вместе с женой учился в Германии, а в 1908 году опубликовал свою первую книгу «Американский колледж». Его суровая критика педагогических методов, практикуемых в Гарварде и других колледжах, привлекла внимание видного педагога Генри С. Притчетта. Незадолго до этого Притчетт убедил Эндрю Карнеги создать организацию, которая способствовала бы популяризации профессии учителя среди молодежи. После основания Фонда Карнеги по продвижению преподавания в 1906 году, Притчетт оставил свой пост главы Массачусетского технологического института и стал президентом фонда. В качестве одного из своих первых крупных проектов фонд планировал столь необходимое исследование медицинского образования в Соединенных Штатах и Канаде. В 1908 году Притчетт обратился к сорокадвухлетнему Флекснеру с просьбой выполнить эту важную миссию.
В течение следующего года Флекснер посетил сто пятьдесят пять институтов в обеих странах. Для оценки каждого он использовал одни и те же критерии: вступительные требования, численность и подготовку профессорско-преподавательского состава, финансовое положение учреждения, качество лабораторий и взаимосвязь между каждым учебным заведением и больницей, в которой работали студенты и преподаватели. Он пришел в ужас от того, что обнаружил. Даже лучшие из институтов были не слишком хороши. Стандарты приема были низкими, подготовка преподавателей оставляла желать лучшего, бо́льшая часть колледжей были частными предприятиями-кошельками, принадлежащими работающим в них профессорам, лаборатории были неадекватно оборудованными или грязными, или и то и другое вместе, и очень редко можно было найти учреждение, студенты и преподаватели которого имели свободный доступ в хорошую больницу. Единственным исключением был Университет Хопкинса. Как Флекснер писал позже: «Честь и хвала Гилману, Уэлшу, Моллу, Холстеду, их коллегам и студентам, не побоявшимся прицепить свой вагон к звезде!»
Резкое обвинительное заключение Флекснера о состоянии американского медицинского образования было опубликовано в 1910 году в четвертом выпуске Бюллетеня фонда под названием «Медицинское образование в Соединенных Штатах и Канаде». Однако вскоре он стал известен как «отчет Флекснера» и сразу со дня своего появления стал главной новостью на первых полосах газет. В нем автор высказывался уничижительно обо всех институтах и колледжах, кроме пяти, но даже их счел в значительной мере не соответствующими стандартам, установленным Университетом Хопкинса. Но Флекснер не ограничивался критикой, он предлагал программу реформ. Поскольку число медицинских учебных заведений при весьма низком их качестве было явно чрезмерным, он считал необходимой общенациональную реорганизацию, предполагающую закрытие ста двадцати из них. В своей автобиографии 1960 года Флекснер описал отклик, полученный им на его рекомендации:
Сотрудники медицинских учреждений, профессорско-преподавательский состав медицинских образовательных заведений, а также государственные экзаменационные комиссии были совершенно ошеломлены безжалостным разоблачением. Нам угрожали исками, а однажды даже действительно подали в суд за клевету на сумму сто пятьдесят тысяч долларов. Я получал анонимные письма с предупреждением, что меня застрелят, если я покажусь в Чикаго, но я поехал туда, чтобы произнести вступительную речь на собрании Совета [Американской медицинской ассоциации], и вернулся невредимым.
…Такой шумихи в прессе никогда не было в нашей стране ни до этого, ни после. Институты закрывались направо и налево, как правило, без ропота. Некоторые из них объединялись. Семь колледжей в моем родном городе, о которых… я писал с той же откровенностью, что и о других учреждениях, слились в один. Пятнадцать учебных заведений в Чикаго, которые я назвал позорным пятном на медицинском образовании страны, также вскоре консолидировались, и их число сократилось до трех.